遺伝的にコードされる非天然アミノ酸による免疫寛容解除

专利摘要:
本発明は疾患関連部分等の標的部分に１個以上の非天然アミノ酸を組込んだ抗原型の標的部分の投与及び／又は標的部分に１個以上の非天然アミノ酸を組込んだものに対する抗体であって、天然標的部分に対して交差反応性の抗体の投与により、標的部分に対する免疫応答を対象で誘発及び／又は強化するための方法と組成物を含む。
公开号:JP2011514322A
申请号:JP2010545892
申请日:2009-02-07
公开日:2011-05-06
发明作者:ヴォーン・ヴイ．・スマイダー；ピーター・ジー．・シュルツ；メン−リン・ツァオ；ヤン・グルーネヴァルト；リチャード・エー．・ラーナー；ロシャン・ペレラ
申请人:ザ スクリプス リサーチ インスティチュート；
IPC主号:C07K16-00

专利说明:

[0001] （連邦政府支援研究開発から創出された発明の権利に関する陳述）
本発明は米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）からの助成番号ＨＬ−１６４１１（５ＲＯ１ＧＭ６２１５９）として米国政府助成下に創出された。米国政府は本発明に所定の権利をもつ。]
[0002] （関連出願とのクロスリファレンス）
本願は米国仮特許出願第６１／０６５，１４８号（出願日２００８年２月８日）；６１／０６５，５１５号（出願日２００８年２月１２日）；６１／１３５，９４７号（出願日２００８年７月２５日）；６１／１３７，６７６号（出願日２００８年７月３１日）；６１／２０３，９４８号（出願日２００８年１２月２９日）；６１／０６５，１４７号（出願日２００８年２月８日）；６１／０６５，５９０号（出願日２００８年２月１２日）；６１／１３５，９６９号（出願日２００８年７月２５日）；６１／１３７，６３５号（出願日２００８年７月３１日）；及び６１／２０３，９４７号（出願日２００８年１２月２９日）の優先権と特典を主張し、その開示内容全体を全目的で本明細書に援用する。]
[0003] （発明の技術分野）
本発明は免疫学の分野に関する。より具体的には、本発明は１個以上の非天然アミノ酸を組込んだ標的部分（即ち自己部分又は外来部分）に対応する免疫原を投与することにより、自己抗原（例えばＴＮＦα又は無数の他の自己抗原のいずれか）に対する免疫応答を対象に誘発するため、又は外来（非自己）抗原に対する免疫応答を対象に誘発もしくは強化するための組成物と方法を提供する。]
背景技術

[0004] 現代医療の大きな課題の１つは（例えば自己抗原に対する対象の免疫寛容により）対象による抗体産生を誘起しない病態又は強力／強靭な抗体応答を誘起しない病態（例えば所定の細菌／ウイルス感染症）の治療に関する。このような分類に該当する多数の病態が存在する。例えば、対象自身の自己蛋白質に起因又は関連する病態は（クローン病、内毒素ショック、脳マラリア等に関与／関係する）ＴＮＦα、（ＳＬＥに関与する）ＩＬ１０等の部分に関連する場合がある。更に、対象がＨＩＶ、ＣＭＶ、結核、及びブドウ球菌等の各種ウイルス及び細菌感染症に対して強靭な抗体応答を誘発することは困難であると思われる。]
[0005] このような免疫応答の問題に対処するために多数の異なるアプローチが提案されている。例えば、所定のアプローチはアジュバント／キャリヤーの改善、抗原への強力なＴ細胞エピトープの導入、コンジュゲートワクチン、コンビネーションワクチンを検討している。例えば、Ｂａｌｄｒｉｄｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ Ａｄｊｕｖａｎｔｓ：Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ．Ｃ．Ｊ．Ｈａｃｋｅｔｔ，Ｈａｍ，Ｄ．Ａ．Ｊｒ．，Ｅｄｓ．（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００６），ｐｐ．２３５−２５５；Ｍａｋｅｌａ，ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，１（３）：３９９−４１０（２００２）；Ｄａｌｕｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：６６６（１９９９）；及びＲｅｓｔｉｆｏ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ８：６５８（１９９６）参照。他のアプローチは非特異的標識抗原（即ちジアゾニウム誘導体化抗原）による免疫を試みている。Ｗｅｉｇｌｅ，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １２１：２８９（１９６５）参照。]
[0006] しかし、特定自己蛋白質（例えばＴＮＦα）、及び／又は各種病原体（例えば細菌、ウイルス、真菌、及び／又はプリオン病原体）に由来する特定蛋白質に対する対象の免疫応答を誘発又は強化するための方法と組成物として、より良好でより広範に適用可能な方法と組成物が引き続き必要とされている。本発明は通読後に明らかな通り、これら及び他の利点を提供する。]
発明が解決しようとする課題

[0007] 自己蛋白質に対する強い免疫応答を選択的に誘導できること、又は外来抗原の特定エピトープの免疫原性を強化できることは癌、蛋白質フォールディング病、及び感染症（例えば細菌又はウイルス感染症）を含む多数の疾患状態用のワクチンの製造に有意義である。本発明はワクチン接種に使用する非天然免疫原を作製するため又は受動免疫で使用する抗体を作製するために蛋白質への非天然アミノ酸の組込みを利用する。本発明において、非天然アミノ酸を付加する免疫原はワクチン接種／免疫する対象の体内に存在する標的部分（例えば疾患関連部分）又は対象の体内に存在することが可能な標的部分（例えば疾患関連部分）に対応する。非天然アミノ酸を組込んだ免疫原を対象に投与する態様において、非天然アミノ酸の存在は標的（例えば疾患関連）部分に対して交差反応性の免疫応答を免疫原に対して誘起する。]
課題を解決するための手段

[0008] 第１の側面において、本発明は対象の体内に存在するか又は対象の体内に存在することが可能な標的部分（例えばポリペプチド、糖質、又は両者の組合せ）に対する免疫応答（例えばＢ細胞介在性応答及び／又はＴ細胞介在性応答）を対象に誘発又は強化する方法を提供する。前記方法は１個以上の非天然アミノ酸を含む非天然免疫原を準備する段階と、非天然免疫原を対象に投与する段階を含む。対象（例えばヒト、サル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ニワトリ、小型鳥類、大型鳥類、爬虫類及び／又は両生類）は非天然免疫原に対する１種以上の抗体を産生し、前記抗体は標的部分に対して交差反応性である（従って標的に対する免疫応答を誘発又は強化する）。]
[0009] 免疫応答を誘発又は強化するために対象に投与する非天然免疫原は対象の体内に存在する少なくとも１個の標的部分（又は対象の体内に存在することが可能な少なくとも１個の部分）に対応する。所定態様において、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は、標的部分の配列の１個以上の天然アミノ酸が免疫原の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、標的の配列と同一の第２のアミノ酸配列を含むことができる。代替的又は付加的に、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は、免疫原の配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、標的部分の配列と同一の第２のアミノ酸配列を含むことができる。各種態様において、非天然免疫原はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の構造を含むことができ、及び／又はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含むことができる。]
[0010] 非天然免疫原に存在する１個以上の非天然アミノ酸は場合により抗体に接触可能とすることができる。この側面の方法で産生された１種以上の交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。他方、交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと異なる配列（例えば場合により１個以上の非天然アミノ酸を含む別の配列）を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。]
[0011] この側面では、標的部分に由来する非天然免疫原を種々の方法で作製することができる。好ましい態様では、直交翻訳系で非天然免疫原を作製する。他方、場合により（例えば選択圧組込み法による）ｉｎ ｖｉｖｏ翻訳系；（例えば非天然アミノ酸で化学的にアシル化されたｔＲＮＡを使用する）ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳系；翻訳後修飾以外の方法；又は免疫原に存在する２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の化学修飾以外の方法で非天然免疫原を作製することもできる。]
[0012] 非天然免疫原に組込むことができる非天然アミノ酸は場合により２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以外の任意非天然アミノ酸を含むことができる。組込むことができる非天然アミノ酸は更に２０種類の標準アミノ酸の１種以外の任意非天然アミノ酸を含むことができ、非天然アミノ酸は下式：




の構造を含み、式中、Ｒは２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかで使用される側鎖以外の任意置換基であり；Ｒ１は２０種類の標準天然アミノ酸の１種で使用される任意置換基であり；Ｒ２はＲ２−Ｒ１が一緒になって２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかの側鎖以外のものとなるような任意置換基であり；ＺはＯＨ、ＮＨ２、ＳＨ、ＮＨ−Ｒ’又はＳ−Ｒ’であり；Ｒ’はＨ以外の任意置換基であり；Ｘ及びＹは各々Ｓ又はＯであり、Ｒ’がＨの場合にはＲはＬ配置をとる。所定態様において、免疫原に組込むことができる１個以上の非天然アミノ酸は場合により、ｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンの１種以上を含むことができる。]
[0013] 所定態様において、免疫応答を誘発又は強化させる標的部分は非自己部分（例えば細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、又はプリオンに由来する部分）とすることができる。非自己標的部分は場合により細菌抗原、ウイルス抗原、真菌抗原、マイコプラズマ抗原、原生動物抗原、蠕虫抗原、プリオン抗原、ＨＩＶ抗原、ＨＩＶｇｐ１２０、ＨＩＶｇｐ４１、ＨＩＶｇａｇ、ＨＩＶｐｏｌ、ＨＩＶｅｎｖ、ＨＩＶｔａｔ、ＨＩＶｎｅｆ、ＨＩＶｒｅｖ、カリシウイルスカブシド抗原、Ｂ型肝炎コア抗原、Ｂ型肝炎表面抗原、デルタ肝炎原因物質、単純ヘルペスウイルス糖蛋白質、水痘帯状疱疹ウイルス糖蛋白質、インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルスノイラミニダーゼ、インフルエンザウイルス核蛋白質、ＨＰＶカブシド蛋白質、バラインフルエンザウイルスヘマグルチニン／ノイラミニダーゼ、ポリオウイルスカブシドポリペプチド、ＨｅｐＡ抗原、ワクシニアウイルスポリペプチド、狂犬病ウイルス糖蛋白質Ｇ、Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ ＯｓｐＡ、ｂ型インフルエンザ桿菌外膜蛋白質、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｐｏａｒａｂｉｎｏｍａｎｎａｎ、マイコバクテリウムｍＡＰＧ、化膿連鎖球菌Ｍ蛋白質、肺炎連鎖球菌莢膜多糖体、ペスト菌Ｆ１、ペスト菌Ｖ抗原、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト周囲蛋白質（ＰｆＣＳＰ）、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト表面蛋白質２（ＰｆＳＳＰ２）、肝細胞期抗原１の熱帯熱マラリア原虫カルボキシル末端（ＰｆＬＳＡ１ｃ−ｔｅｒｍ）、熱帯熱マラリア原虫輸送蛋白質１（ＰｆＥｘｐ−１）、Ｐｆｓ４８／４５、Ｐｆｓ２８、Ｐｆｓ２５、又はＰｆｓ２３０の１種以上を含むことができる。]
[0014] 標的非自己部分は場合により細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、プリオン、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、キャプノサイトファーガ属（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、デルマトフィルス属（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモバルトネラ属（Ｈａｅｍｏｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、Ｌ型菌、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ネオリケッチア属（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ロシャリメア属（Ｒｏｃｈａｌｉｍａｅａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、アデノウイルス、アルファウイルス、カリシウイルス、コロナウイルス、ＣＭＶ、ジステンパーウイルス、エボラウイルス、エンテロウイルス、ＥＢＶ、フラビウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヘパドナウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、デルタ肝炎原因物質、Ｅ型もしくはＦ型肝炎ウイルス、ＧＢＶ−Ｃ、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、免疫不全ウイルス、ＨＩＶ、伝染性腹膜炎ウイルス、インフルエンザウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、白血病ウイルスマールブルグウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、ＨＰＶ、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ＲＳＶ、パルボウイルス、ペスチウイルス、ピコルナウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、狂犬病ウイルス、レオウイルス、レトロウイルス、ロタウイルス、アブシジア属（Ａｂｓｉｄｉａ）、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アルタナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、バシジオボラス属（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、ビポラリス属（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）、ブラストミセス属（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス属（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）、コニディオボラス属（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、カーブラリア属（Ｃｕｒｖａｌａｒｉａ）、エピデルモフィトン属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）、エクソフィアラ属（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ）、ゲオトリクム属（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ）、ヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、マズレラ属（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ）、マラセチア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、ミクロスポラム属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）、モニリエラ属（Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌａ）、モルチエレラ属（Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ペシロミセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、フィアレモニウム属（Ｐｈｉａｌｅｍｏｎｉｕｍ）、フィアロフォラ属（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ）、プロトテカ属（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードアレシェリア属（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｃｈｅｒｉａ）、シュードミクロドキウム属（Ｐｓｅｕｄｏｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ）、ピシウム属（Ｐｙｔｈｉｕｍ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、スコレコバシディウム属（Ｓｃｏｌｅｃｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、スポロトリクス属（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、ステムフィリウム属（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｉｕｍ）、トリコフィトン属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）、トリコスポロン属（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、キシロハイファ属（Ｘｙｌｏｈｙｐｈａ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バランチジウム属（Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、ベスノイチア属（Ｂｅｓｎｏｉｔｉａ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、エイメリア属（Ｅｉｍｅｒｉａ）、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）、エントアメーバ属（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）、ハモンディア属（Ｈａｍｍｏｎｄｉａ）、ヘパトゾーン属（Ｈｅｐａｔｏｚｏｏｎ）、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、ミクロスポリジア属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、ネオスポラ属（Ｎｅｏｓｐｏｒａ）、ノゼマ属（Ｎｏｓｅｍａ）、ペンタトリコモナス属（Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、ニューモシスチス属（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、サルコシスチス属（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ）、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、タイレリア属（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ）、トキソプラズマ属（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、トリパノソーマ属（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）、アカントケイロネマ属（Ａｃａｎｔｈｏｃｈｅｉｌｏｎｅｍａ）、アエルロストロンギルス属（Ａｅｌｕｒｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アンシロストーマ属（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ）、アンギオストロンギルス属（Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アスカリス属（Ａｓｃａｒｉｓ）、ブルギア属（Ｂｒｕｇｉａ）、ブノストムーム属（Ｂｕｎｏｓｔｏｍｕｍ）、キャピラリア属（Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ）、チャベルチア属（Ｃｈａｂｅｒｔｉａ）、クーペリア属（Ｃｏｏｐｅｒｉａ）、クレノソーマ属（Ｃｒｅｎｏｓｏｍａ）、ジクチオカウルス属（Ｄｉｃｔｙｏｃａｕｌｕｓ）、ジオクトフィーマ属（Ｄｉｏｃｔｏｐｈｙｍｅ）、ジペタロネーマ属（Ｄｉｐｅｔａｌｏｎｅｍａ）、裂頭条虫属（Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ）、ジピリジウム属（Ｄｉｐｌｙｄｉｕｍ）、ディロフィラリア属（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、ドラクンクルス属（Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ）、エンテロビウス属（Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ）、フィラロイデス属（Ｆｉｌａｒｏｉｄｅｓ）、ヘモンクス属（Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ）、ラゴキラスカリス属（Ｌａｇｏｃｈｉｌａｓｃａｒｉｓ）、ロア糸状虫属ポリペプチド、マンソネラ属（Ｍａｎｓｏｎｅｌｌａ）、ムエレリウス属（Ｍｕｅｌｌｅｒｉｕｓ）、ナノフィエツス属（Ｎａｎｏｐｈｙｅｔｕｓ）、ネカトール属（Ｎｅｃａｔｏｒ）、ネマトジルス属（Ｎｅｍａｔｏｄｉｒｕｓ）、エソファゴストム属（Ｏｅｓｏｐｈａｇｏｓｔｏｍｕｍ）、オンコセルカ属（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ）、オピストルキス属（Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ）、オステルタギア属（Ｏｓｔｅｒｔａｇｉａ）、パラフィラリア属（Ｐａｒａｆｉｌａｒｉａ）、パラゴニムス属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）、パラスカリス属（Ｐａｒａｓｃａｒｉｓ）、フィサロプテラ属（Ｐｈｙｓａｌｏｐｔｅｒａ）、プロトストロンギルス属（Ｐｒｏｔｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、エノコログサ属（Ｓｅｔａｒｉａ）、スピロセルカ属（Ｓｐｉｒｏｃｅｒｃａ）、スピロメトラ属（Ｓｐｉｒｏｍｅｔｒａ）、ステファノフィラリア属（Ｓｔｅｐｈａｎｏｆｉｌａｒｉａ）、ストロンギロイデス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ）、ストロンギルス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、テラジア属（Ｔｈｅｌａｚｉａ）、トキサスカリス属（Ｔｏｘａｓｃａｒｉｓ）、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）、トリキネラ属（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ）、トリコストロンギルス属（Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、トリチュリス属（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ）、ウンシナリア属（Ｕｎｃｉｎａｒｉａ）、又はウケレリア属（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ）の１種以上に由来（又は起因）することができる。]
[0015] 本発明の他の態様において、免疫応答を誘発又は強化する標的部分は場合により対象の自己部分を含むことができる。自己部分は場合により各種疾患関連部分のいずれか（例えば自己免疫疾患に関連する自己抗原、腫瘍関連抗原、アルツハイマー病関連抗原、アミロイドβ４０、アミロイドβ４２、乳癌関連抗原、卵巣癌関連抗原、前立腺癌関連抗原、ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、家系特異的腫瘍関連抗原、メラノサイト−メラノーマ家系抗原、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼもしくはチロシナーゼ関連蛋白質、チロシナーゼ関連蛋白質２、ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、突然変異ｒａｓ、再構成ｂｃｒ／ａｂ１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、突然変異もしくは野生型ｐ５３、チトクロームＰ４５０ １Ｂ１、Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ−Ｖの異常発現イントロン配列、ＣＡ１９−９、ｐ５３、ＯＣＡＡ、ＨＯＸＢ７、Ｃａ１２５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＴＡ−１、Ｃａ１５−３、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ−１、ＣＸＣＲ４、Ｇ蛋白質共役型受容体（ＧＣＰＲ）、又はＣＡ２７−２９）を含むことができる。]
[0016] 所定態様において、標的自己部分はＴＮＦαであり、非天然免疫原は非天然ＴＮＦαである。例えば、対象がマウスである態様において、標的部分はｍＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｍＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、又はｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαを含む非天然ｍＴＮＦα）とすることができる。]
[0017] 同様に、対象がヒトである態様において、標的自己部分はｈＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｈＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦα）とすることができる。]
[0018] 別の側面において、本発明は例えばＢ細胞介在性応答及び／又はＴ細胞介在性応答を対象に誘発することにより、対象の疾患状態を予防的又は治療的に処置する方法を提供する。各種態様において、疾患状態は限定されないが、自己免疫疾患、癌、細菌感染症、ウイルス感染症、真菌感染症、マイコプラズマ感染症、プリオン感染症、原生動物感染症、又は蠕虫感染症の１種以上が挙げられる。この側面の第１組の方法は、１個以上の非天然アミノ酸を組込んだ非天然免疫原を対象（例えばヒト、サル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ニワトリ、小型鳥類、大型鳥類、爬虫類、又は両生類）に投与する段階を含む。こうして非天然免疫原は疾患状態に関連する対象の体内の１個以上の標的部分（例えばポリペプチド及び／又は糖質）又は対象の体内に存在することが可能な１個以上の標的部分に対して交差反応性の抗体の産生を対象の体内で刺激する。この側面の第２組の方法において、本発明は１個以上の標的部分（例えば疾患状態／病態に関連する疾患関連部分）に対する抗体を産生させることにより対象の疾患状態を予防的又は治療的に処置する段階を含む。このような抗体の産生は１個以上の非天然アミノ酸を組込んだ非天然免疫原に対する抗体を産生させる段階を含み、前記抗体は標的部分に対して交差反応性である。その後、抗体を対象に投与する。]
[0019] この側面の方法における非天然免疫原は一般に対象の体内の少なくとも１個の標的部分（又は対象の体内に存在することが可能な少なくとも１個の標的部分）に対応する。各種態様において、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は、標的の配列の１個以上の天然アミノ酸が免疫原の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、標的の配列と同一の第２のアミノ酸配列を含むことができる。代替的又は付加的に、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は第２のアミノ酸配列を含むことができ、免疫原の配列は免疫原の配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、標的の配列と同一である。非天然免疫原はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の構造を含むことができ、及び／又はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含むことができる。]
[0020] この側面の方法の非天然免疫原に存在する１個以上の非天然アミノ酸は場合により抗体に接触可能とすることができる。１種以上の交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。他方、交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと異なる配列（例えば場合により１個以上の非天然アミノ酸を含む別の配列）を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。]
[0021] この側面の各種態様において、対象に投与されるか又は抗体が産生される免疫原は先述の側面又は本明細書の他の箇所に記載する方法のいずれかにより作製することができる。非天然免疫原は場合により任意非天然アミノ酸（例えば先述の側面又は本明細書の他の箇所に記載する非天然アミノ酸のいずれか）を含むことができる。標的部分は場合により（例えば先述の側面又は本明細書の他の箇所に記載する非自己部分のいずれかを含む）非自己部分、又は自己部分（例えば先述の側面又は本明細書の他の箇所に記載するもの等の疾患関連自己部分）を含むことができる。]
[0022] この側面の所定態様において、標的部分はＴＮＦαであり、疾患状態を予防的又は治療的に処置する方法は場合により以下の疾患状態、即ち内毒素ショック、脳マラリア、自己免疫疾患、多臓器不全、多発性硬化症、心機能障害、アテローム性動脈硬化症、虚血再潅流傷害、インスリン抵抗性、関節リウマチ、クローン病、炎症性腸疾患、悪液質、敗血症ショック、エイズ、移植片対宿主病、細菌感染防御性肉芽腫、成人呼吸窮迫症候群、及びシリカ肺線維症のいずれか１種以上を処置する段階を含む。]
[0023] 対象がマウスである所定態様において、標的部分はｍＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｍＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαを含む非天然ｍＴＮＦα）とすることができる。対象がヒトである所定態様において、自己部分はｈＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｈＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦα）とすることができる。]
[0024] 別の側面において、本発明はワクチンの製造方法（及び前記方法により製造されたワクチン）を提供し、前記方法は非天然アミノ酸を含まない抗体治療標的部分（例えばポリペプチド及び／又は糖質）を同定する段階と、１個以上の非天然アミノ酸を組込んだ非天然免疫原を準備する段階と、非天然免疫原を１種以上の医薬的に許容可能なアジュバント、キャリヤー又は賦形剤と混合し、ワクチンを製造する段階を含む。これらの方法で準備する非天然免疫原は、例えば先述の側面又は本明細書の他の箇所に記載するような対象に投与したときに、対象が標的部分に対して交差反応性の抗体を非天然免疫原に対して産生するように、標的部分と構造的に同様とすることができる。]
[0025] この側面の方法における非天然免疫原は対象の体内存在する少なくとも１個の標的部分（又は対象の体内に存在することが可能な少なくとも１個の標的部分）に対応する。各種態様において、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は、標的の配列の１個以上の天然アミノ酸が免疫原の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、標的の配列と同一の第２のアミノ酸配列を含むことができる。代替的又は付加的に、標的部分は第１のアミノ酸配列を含むことができ、非天然免疫原は第２のアミノ酸配列を含むことができ、免疫原の配列は免疫原の配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、標的の配列と同一である。非天然免疫原はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の構造を含むことができ、及び／又はこの免疫原が由来する標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含むことができる。]
[0026] 非天然免疫原に存在する１個以上の非天然アミノ酸は場合により抗体に接触可能とすることができる。１種以上の交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。他方、交差反応性抗体は場合により非天然免疫原上の対応するエピトープと異なる配列（例えば場合により１個以上の非天然アミノ酸を含む別の配列）を含む標的部分上のエピトープに特異的でもよい。]
[0027] 各種態様において、ワクチンを製造するために準備する免疫原は上記側面又は本明細書の他の箇所に記載する方法のいずれかによりそれ自体作製することができる。また、非天然免疫原は場合により上記側面又は本明細書の他の箇所に記載する非天然アミノ酸のいずれかを含むことができる。標的部分は場合により（例えば上記側面又は本明細書の他の箇所に記載する非自己抗原又は部分のいずれかを含む）非自己部分、又は自己部分（例えば上記側面又は本明細書の他の箇所に記載するもののいずれか等の疾患関連自己部分）を含むことができる。]
[0028] この側面の所定態様において、標的自己部分はＴＮＦαとすることができる。例えば、対象がマウスである態様において、標的自己部分はｍＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｍＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαを含む非天然ｍＴＮＦα）とすることができる。対象がヒトである態様において、標的自己部分はｈＴＮＦαとすることができ、免疫原は非天然ｈＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦα）とすることができる。]
[0029] 別の側面において、本発明は更にｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ＴＮＦαを含む非天然ＴＮＦαを細胞で作製する方法を提供する。前記方法は細胞を適切な培地で増殖させる段階を含む。このような態様において、細胞はＴＮＦαをコードし、アミノ酸８６位に少なくとも１個のセレクターコドンを含む核酸を含むことができる。細胞は更にセレクターコドンを認識する直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）と、Ｏ−ｔＲＮＡをｐＮＯ２Ｐｈｅで優先的にアミノアシル化する直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）を含むことができる。前記方法は更に、ｐＮＯ２Ｐｈｅを準備し、（Ｏ−ＲＳ）にＯ−ｔＲＮＡをｐＮＯ２Ｐｈｅで優先的にアミノアシル化させ、セレクターコドンに応答して直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼにｐＮＯ２Ｐｈｅをアミノ酸８６位に組込ませ、非天然ＴＮＦαを産生させる段階を含む。本発明の他の態様としては、（例えば所望免疫原の核酸、所望位置の適切なセレクターコドン、所望アミノ酸の存在、及び適切な対応する直交機構ＯＲＳ、ＯｔＲＮＡ等を）適宜改変した同様の方法により免疫原の任意所望位置に任意所望非天然アミノ酸を組込んだ他の任意非天然免疫原の作製方法が挙げられる。]
[0030] 本発明は更に非天然ＴＮＦαを提供する。本発明により提供される非天然ｍＴＮＦαとしては、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαが挙げられる。本発明により提供されるｈＴＮＦαとしては、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαが挙げられる。本発明はこれらの非天然ＴＮＦαを含有する組成物も提供する。]
[0031] 本発明は上記非天然ＴＮＦαに対する抗体と、これらの抗体を含有する組成物も提供する。本発明は非天然アミノ酸を含まない天然ＴＮＦαと、１個以上の非天然アミノ酸を組込んだＴＮＦαに対して交差反応性の抗体と、これらの抗体を含有する組成物も提供する。]
[0032] 本発明はｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４を含む非天然ｍＲＢＰ４と、前記非天然ｍＲＢＰ４を含有する組成物も提供する。更に、本発明はこの非天然ｍＲＢＰ４に対する抗体でありながら、非天然アミノ酸を含まないＲＢＰ４に対して交差反応性の抗体と、これらの抗体を含有する組成物も提供する。]
[0033] 本発明の各種側面において、非天然免疫原に組込まれる１個以上の非天然アミノ酸は免疫原の合成中に組込まれる。所定態様では、翻訳後修飾又は合成後化学修飾以外の方法で１個以上の非天然アミノ酸を非天然免疫原に組込む。従って、各種態様では、直交翻訳、ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳、ネイティブケミカルライゲーション、発現蛋白質ライゲーション、又は固相合成法の１種以上により１個以上の非天然アミノ酸を非天然免疫原に組込む。本発明の各種態様において、非天然免疫原はグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化された（例えば翻訳後修飾以外の方法又は化学修飾以外の方法によりグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化された）２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以上を含む。]
[0034] 所定態様において、本発明は本明細書に記載する方法及び組成物に有用な材料を含むキットないし製品を提供する。このようなキットは場合により１個以上の容器、ラベル、及び説明書と、抗体及び／又は非天然免疫原の構築用成分及び／又は実際の抗体及び／又は非天然免疫原（例えば非天然ＴＮＦα）を含むことができる。キットは更に場合により１種以上の抗体（例えば非天然免疫原に対する抗体でありながら、対象の体内に存在する天然標的部分に対して交差反応性の抗体）及び／又は１種以上の非天然免疫原と、場合により他の成分（例えば各種抗生物質、各種抗真菌剤等）を含むことができる。このような非天然免疫原としては限定されないが、本発明により提供される非天然ＴＮＦαの任意１種以上又は本明細書に記載する他の任意非天然免疫原が挙げられる。キットは場合により成分を保存するため又は成分を混合／調製するための（例えばガラス、プラスチック、ナイロン、綿、ポリエステル、金属等の）チューブ又は他の容器と、前記成分を対象（例えば処置を必要とするヒト等）に投与するために使用する１個以上の器具を含む。所定態様において、成分を対象に投与するために使用する器具は成分を保存及び／又は混合／調製する容器を含む。]
[0035] キットは更に場合により本発明の抗体／非天然免疫原成分以外の他のコンポーネント（例えば緩衝液、希釈剤、フィルター、創傷被覆材、包帯、アプリケータ、ガーゼ、バリヤー、半透性バリヤー、舌圧子、針、及びシリンジ等）を含むことができる。]
[0036] 所定態様において、キットは１種以上の病態／疾患状態について対象を処置するためのキットの使用に関する説明書（例えば一般に書面の説明書）を含む。所定態様において、キットは使用者が使用方法又は詳細な使用方法について問合せするためのＵＲＬアドレス又は電話番号等を含む。キットは単位用量、バルクパッケージ（例えば多用量パッケージ）、又は単位用量未満とすることができる。]
[0037] 当業者に自明の通り、本発明の方法及び組成物は単独で使用することもできるし、組合せて使用することもできる。]
[0038] 本発明のこれら及び他の特徴は添付図面と特許請求の範囲を参照して以下の詳細な記載を通読すると、更によく理解されよう。]
[0039] 定義
本発明を詳細に記載する前に、本発明は特定装置又は生体系に限定されず、当然のことながら種々のものに適用できると理解すべきである。同様に、本明細書で使用する用語は特定態様のみの説明を目的とし、限定的でないことも理解すべきである。本明細書と特許請求の範囲で使用する単数形の不定冠詞及び定冠詞はそうでないことが内容から明白である場合を除き、複数形も含む。従って、例えば「表面」と言う場合には「２個以上の表面の組合せ」を含み、「細菌」と言う場合には「細菌混合物」を含み、他の用語についても同様である。]
[0040] 特に定義しない限り、本明細書で使用する全科学技術用語は本発明が属する分野の当業者に通常理解されている通りの意味をもつ。本発明の試験の実施には本明細書に記載するものと同様又は等価の任意方法及び材料を使用することができるが、好ましい材料と方法は本明細書に記載するものである。本発明の記載及び特許請求の範囲において、以下の用語は以下の定義に従って使用される。]
[0041] 抗体：本明細書で使用する「抗体」とは免疫グロブリン遺伝子又は免疫グロブリン遺伝子のフラグメントにより実質的又は部分的にコードされる１個以上のポリペプチドを含む蛋白質を意味する。認識される免疫グロブリン遺伝子としてはκ、λ、α、γ、δ、ε及びμ定常領域遺伝子と、無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖はκ又はλとして分類される。重鎖はγ、μ、α、δ又はεとして分類され、夫々免疫グロブリンクラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥに相当する。典型的な免疫グロブリン（例えば抗体）構造単位は四量体から成る。各四量体は同一のポリペプチド鎖２対から構成され、各対は「軽」鎖（約２５ｋＤ）１本と「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）１本をもつ。各鎖のＮ末端は抗原認識に主に関与する約１００〜１１０又はそれ以上のアミノ酸からなる可変領域を規定する。可変領域軽鎖（ＶＬ）及び可変領域重鎖（ＶＨ）なる用語は夫々これらの軽鎖と重鎖を意味する。]
[0042] 抗体は例えば無傷の免疫グロブリン又は各種ペプチダーゼによる消化により生成された多数の十分に特性決定されたフラグメントとして存在することができる。従って、例えば、ペプシンはヒンジ領域のジスルフィド結合下の抗体を消化し、ジスルフィド結合によりＶＨ−ＣＨ１と結合した軽鎖であるＦａｂの二量体であるＦ（ａｂ）’２を生成する。Ｆ（ａｂ）’２を穏和な条件下で還元すると、ヒンジ領域のジスルフィド結合が切断され、Ｆ（ａｂ）’２二量体をＦａｂ’単量体に変換することができる。Ｆａｂ’単量体は本質的にヒンジ領域の部分をもつＦａｂである（他の抗体フラグメントのより詳細な説明については、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗ．Ｅ．Ｐａｕｌ，ｅｄ．，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９９）参照）。各種抗体フラグメントが無傷の抗体の消化により表されるが、当業者に自明の通り、このようなＦａｂ’フラグメント等は化学的方法又は組換えＤＮＡ法の使用によりｄｅ ｎｏｖｏ合成することができる。従って、本明細書で使用する抗体なる用語は無傷の抗体の修飾により生成された抗体フラグメント又は組換えＤＮＡ法を使用してｄｅ ｎｏｖｏ合成された抗体フラグメントも含む。抗体としては１本鎖抗体が挙げられ、（直接又はペプチドリンカーを介して）可変領域重鎖と可変領域軽鎖を結合して連続ポリペプチドを形成する１本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ又はｓｃＦｖ）抗体が挙げられる。]
[0043] ２個以上の異なる部分と「交差反応」する抗体は、例えばＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ又は当業者に公知の他の方法により判定した場合に、異なる部分の各々と結合することが可能である。例えば、非天然ＴＮＦα（例えばｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα等の本明細書に記載する非天然ＴＮＦαのいずれか１種）と結合し、（非天然アミノ酸を含まない）野生型（ないし天然）ＴＮＦαとも結合する抗体はこれらの２分子と交差反応する。本発明の特定態様において、非天然蛋白質に対する抗体は天然型の同一蛋白質（即ち非天然アミノ酸を含まないという点を除き、同一の蛋白質）と交差反応する。各種態様において、非天然分子と結合する抗体は、非天然分子に対する抗体の結合能の約１〜５０％又は５０〜１００％又はそれ以上で天然型の同一分子と交差反応する。]
[0044] 抗原：本明細書において「抗原」なる用語はこれを免疫した対象に抗体応答を誘導する分子又は物質の意味で使用する。抗原は蛋白質、ペプチド、糖質、核酸、脂質、ハプテン又は他の天然もしくは合成化合物（又はその組合せ）とすることができる。抗原は例えば生得（自己）抗原でもよいし、例えば細菌、ウイルス、寄生虫、真菌等に由来するものでもよい。この用語は各種腫瘍抗原、自己免疫疾患関連抗原等のいずれをも意味する。]
[0045] コグネイト：「コグネイト」なる用語は共働する成分又は所定の相互特異性の側面をもつ成分、例えば直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）と直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）を意味し、Ｏ−ＲＳはＯ−ｔＲＮＡを非天然アミノ酸で特異的にアミノアシル化する。]
[0046] から誘導：本明細書で使用する「から誘導」なる用語は特定分子もしくは生物から単離された成分、あるいは特定分子もしくは生物又は特定分子もしくは生物からの情報を使用して作製された成分を意味する。例えば、第２のポリペプチドから誘導されるポリペプチドは第２のポリペプチドのアミノ酸配列と同一又は実質的に同様のアミノ酸配列を含むことができる。ポリペプチドの場合には、誘導種は例えば自然突然変異誘発、人工的特異的突然変異誘発又は人工的ランダム突然変異誘発により得ることができる。ポリペプチドを誘導するために使用する突然変異誘発は意図的に特異的でも意図的にランダムでもよいし、両者の混合でもよい。第１のポリペプチドから誘導される別のポリペプチドを作製するためのポリペプチドの突然変異誘発は（例えばポリメラーゼの非忠実性に起因する）ランダムなイベントとすることができ、誘導されたポリペプチドの同定は例えば本明細書に引用する参考文献に記載されているような適当なスクリーニング法により実施することができる。ポリペプチドの突然変異誘発は一般にポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの操作を伴う。]
[0047] 標的部分又は標的分子：「標的部分」、「標的分子」、「標的蛋白質部分」、「標的抗原」等とは、本発明を利用して免疫応答を誘発／強化することが望ましい部分（例えば蛋白質、ペプチド、糖質、脂質、核酸、又はその任意の組合せ）を意味する。従って、標的部分は生得（自己）又は外生（外来）分子とすることができる。当然のことながら、本明細書における特定例（例えばＴＮＦα）の列挙は限定的とみなすべきではなく、標的部分（及びそれに対応する非天然免疫原）は免疫応答を所望される任意分子とすることができる。従って、標的部分は非天然免疫原をモデル化又は設計する原型となる部分、非天然免疫原が由来する部分、非天然免疫原が対応する部分等である。以下に更に説明するように、非天然免疫原は、非天然免疫原が１個以上の非天然アミノ酸を含む（更に、例えば直交翻訳系、ｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳系等及び／又は翻訳後もしくは化学修飾以外の方法により作製される）という点を除き、標的部分と同一又はほぼ同一の配列を含む。多くの態様において、標的部分は疾患関連部分、即ち疾患状態（例えば癌、自己免疫疾患、又は細菌、ウイルス、プリオン、マイコプラズマ、真菌、寄生虫等の感染性生物に由来／起因する疾患等）により対象に発生又は存在する部分である。天然標的部分（即ち非天然アミノ酸を含まない）は抗原性及び／又は免疫原性でもそうでなくてもよい（例えば低免疫原性でもよい）。特定態様において、非天然型の標的部分（例えば天然標的部分と同様であるが、標的部分における対応する天然アミノ酸の置換及び／又は標的部分のアミノ酸への付加として１個以上の非天然アミノ酸を含む部分）は（天然標的部分が抗原性及び／又は免疫原性であるか否かに関係なく）抗原性及び／又は免疫原性である。このような非天然標的部分を本明細書では「非天然標的分子」、「非天然抗原」、又はより多くの場合には「非天然免疫原」等と言う。従って、本明細書において「非天然」免疫原、部分、分子等とは、１個以上の非天然アミノ酸を含むものである。所定のこのような非天然部分において、非天然アミノ酸は場合により完全又は部分的に抗体に接触可能である（例えば抗体は非天然アミノ酸を含む部分の領域と結合することができる）。]
[0048] 有効量：「有効量」なる用語は所望結果を生じるために十分な用量又は量を意味する。所望結果としては、前記用量又は量を投与したレシピエントにおける客観的又は主観的改善（例えば交差反応性抗体の産生、長期生存、腫瘍数及び／又はサイズの減少、疾患状態の有効な予防又は部分的予防等）が挙げられる。]
[0049] コードする：本明細書で使用する「コードする」なる用語は第１の分子又は配列鎖とは異なる第２の分子又は配列鎖の生産を誘導するためにポリマー巨大分子又は配列鎖中の情報を使用する任意プロセスを意味する。本明細書ではこの用語を広義に使用し、種々に適用することができる。所定側面において、「コードする」なる用語は新規に合成された相補的姉妹鎖をＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼによりコードさせるための鋳型として２本鎖ＤＮＡ分子の一方の鎖を使用する半保存的ＤＮＡ複製プロセスを意味する。別の側面において、「コードする」なる用語は第１の分子とは異なる化学的性質をもつ第２の分子の生産を誘導するためにある分子中の情報を使用する任意プロセスを意味する。例えば、ＤＮＡ分子は（例えばＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ酵素を使用する転写プロセスにより）ＲＮＡ分子をコードすることができる。また、ＲＮＡ分子は翻訳プロセスのようにポリペプチドをコードすることもできる。翻訳プロセスについて使用する場合には、「コードする」なる用語はアミノ酸をコードするトリプレットコドンにも適用する。所定側面において、ＲＮＡ分子は例えばＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用する逆転写プロセスによりＤＮＡ分子をコードすることができる。別の側面において、ＤＮＡ分子はポリペプチドをコードすることができ、この場合に使用する「コードする」とは当然のことながら転写プロセスと翻訳プロセスの両者を意味する。]
[0050] 免疫原：本明細書で使用する「免疫原」とは場合により対象に投与することができ、免疫応答を誘導する部分を意味する。「非天然免疫原」は１個以上の非天然アミノ酸を含み、免疫応答を誘導するために対象に投与することができる部分（例えば疾患関連部分等の標的部分）を意味する。上記も参照。本発明の非天然免疫原では、このような免疫応答により産生される血清抗体、Ｂ細胞及び／又はＴ細胞は非天然アミノ酸を含まない対応する天然標的部分（例えば免疫原が由来する部分、免疫原をモデル化／設計する原型となる部分、免疫原が対応する部分等）に対して交差反応性であり、天然標的部分に対する免疫応答を誘発すると有利である。従って、所定態様において、非天然免疫原は非天然免疫原が由来する天然標的部分（又は非天然免疫原が対応する部分等）に関連する疾患に対して防御性である（又は疾患状態を治療するために使用可能な）免疫応答を誘導することができる。]
[0051] 免疫原性組成物：「免疫原性組成物」とは、１個以上の分子を含み、組成物を対象に投与すると、前記部分に対する体液性及び／又は細胞性免疫応答を対象に誘発する組成物である。免疫原性組成物は注射、吸入、経口、鼻孔内及び粘膜（例えば直腸内又は膣内）投与によりレシピエント対象に直接導入することができる。]
[0052] 免疫的応答又は免疫応答：部分又はその組成物に対する「免疫的応答」又は「免疫応答」とは前記部分に対する細胞性及び／又は抗体介在性免疫応答が対象に生じることである。通常、免疫応答としては限定されないが、以下の作用、即ち前記部分の１種以上の抗原に特異的な（好ましくは）抗体、Ｂ細胞、ヘルパーＴ細胞、サプレッサーＴ細胞、及び／又は細胞傷害性Ｔ細胞及び／又はγδＴ細胞の産生の１種以上が挙げられる。各種態様において、対象は前記部分による新規攻撃に対する耐性を強化するように、及び／又は前記部分に起因／関連する疾患状態の臨床重篤度を低下するように、治療又は予防免疫応答を示す。]
[0053] 〜に応答して：非天然分子の直交作製に関して本明細書で使用する「〜に応答して」なる用語は、Ｏ−ｔＲＮＡがセレクターコドンを認識し、ｔＲＮＡと結合した非天然アミノ酸を成長中のポリペプチド鎖に組込むのを媒介するプロセスを意味する。]
[0054] 直交：本明細書で使用する「直交」なる用語は細胞又は翻訳系に内在する対応分子に比較して低効率で細胞の内在成分と共働するか、あるいは細胞の内在成分と共働できない分子（例えば直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）及び／又は直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ））を意味する。ｔＲＮＡ及びアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼに関して直交とは、内在ｔＲＮＡが内在ｔＲＮＡシンテターゼと共働する能力に比較して直交ｔＲＮＡが内在ｔＲＮＡシンテターゼと共働できないか又は低効率（例えば２０％未満、１０％未満、５％未満、又は１％未満の効率）でしか共働できず、あるいは、内在ｔＲＮＡシンテターゼが内在ｔＲＮＡと共働する能力に比較して直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼが内在ｔＲＮＡと共働できないか又は低効率でしか共働できないことを意味する。直交分子は細胞内に機能的に正常な相補的内在分子をもたない。例えば、細胞中の直交ｔＲＮＡがこの細胞の任意内在ＲＳによりアミノアシル化される効率は内在ｔＲＮＡが内在ＲＳによりアミノアシル化される効率に比較して低いか又はゼロである。別の例では、直交ＲＳが該当細胞の任意内在ｔＲＮＡをアミノアシル化する効率は内在ｔＲＮＡが内在ＲＳによりアミノアシル化される効率に比較して低いか又はゼロである。第１の直交分子と共働する第２の直交分子を細胞に導入することができる。例えば、直交ｔＲＮＡ／ＲＳ対は対照（例えば対応するｔＲＮＡ／ＲＳ内在対、又は活性直交対）の効率に比較して所定の効率（例えば４５％の効率、５０％の効率、６０％の効率、７０％の効率、７５％の効率、８０％の効率、９０％の効率、９５％の効率、又は９９％以上の効率）で細胞において共働する導入相補成分を含む。]
[0055] 直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ：本明細書で使用する直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）とは該当翻訳系においてＯ−ｔＲＮＡをアミノ酸で優先的にアミノアシル化する酵素である。Ｏ−ＲＳがＯ−ｔＲＮＡに負荷するアミノ酸は天然、非天然又は人工のいずれかを問わずに任意アミノ酸とすることができ、本明細書では限定しない。シンテターゼは場合により天然に存在するチロシルアミノ酸シンテターゼと同一又は相同であるか、あるいはＯ−ＲＳと呼ぶシンテターゼと同一又は相同である。]
[0056] 直交ｔＲＮＡ：本明細書で使用する直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）とは該当翻訳系に直交性のｔＲＮＡであり、ｔＲＮＡは例えば（１）天然に存在するｔＲＮＡと同一であるか又は実質的に同様であるか、（２）自然又は人工突然変異誘発により天然に存在するｔＲＮＡから誘導されるか、（３）（１）又は（２）の野生型又は突然変異体ｔＲＮＡ配列の配列を考慮する任意プロセスにより誘導されるか、（４）野生型又は突然変異体ｔＲＮＡと相同であるか、（５）直交ｔＲＮＡシンテターゼの基質として指定する任意特定ｔＲＮＡと相同であるか、あるいは（６）直交ｔＲＮＡシンテターゼの基質として指定する任意特定ｔＲＮＡの保存的変異体である。Ｏ−ｔＲＮＡはアミノ酸を負荷した状態でも負荷しない状態でも存在することができる。更に当然のことながら、「Ｏ−ｔＲＮＡ」は場合によりコグネイトシンテターゼにより非天然アミノ酸を負荷（アミノアシル化）される。実際に、当然のことながら、Ｏ−ｔＲＮＡは翻訳中にセレクターコドンに応答して成長中のポリペプチドにほぼ任意の非天然アミノ酸を挿入するために有利に使用される。]
[0057] 医薬組成物：本明細書において「医薬組成物」なる用語は動物又はヒトを含む対象に医薬として使用又は投与するのに適した組成物を意味する。医薬組成物は一般に有効量の活性剤（例えば本発明の抗体及び／又は非天然免疫原）と医薬的に許容可能なキャリヤー、緩衝液、アジュバント等を含有する。「医薬的に許容可能」ないし「薬理的に許容可能」な材料とは、生物学的又は他の観点で有害でない材料であり、即ちこのような材料は望ましくない生体作用を全く（又は殆ど）生じずに、又はこの材料を含有する組成物の成分と有害に相互作用せずに、製剤又は組成物として個体に投与することができる。]
[0058] ポリペプチド：ポリペプチドは必ずしもそうでなくてもよいが、一般に共有ペプチド結合により結合した任意長のアミノ酸残基（天然又は非天然又はその組み合わせ）の任意オリゴマーである。ポリペプチドは任意起源に由来することができ、例えば天然に存在するポリペプチド、組換え分子遺伝技術により作製されたポリペプチド、細胞もしくは翻訳系に由来するポリペプチド、又は無細胞合成手段により作製されたポリペプチドが挙げられる。ポリペプチドはそのアミノ酸配列（例えばその成分アミノ酸残基の一次構造）により特徴付けられる。本明細書で使用するポリペプチドのアミノ酸配列とは全長配列に限定されず、部分配列でも完全配列でもよい。更に、ポリペプチドは特定生理活性の有無により限定されない。本明細書で使用する「蛋白質」なる用語はポリペプチドと同義である。「ペプチド」なる用語は限定されないが、例えば２〜２５アミノ酸長の短いポリペプチドを意味する。]
[0059] 優先的にアミノアシル化する：直交翻訳系に関して本明細書で使用する場合に、Ｏ−ＲＳが発現系で任意内在ｔＲＮＡに負荷するよりも効率的にＯ−ｔＲＮＡにアミノ酸を負荷するときにＯ−ＲＳはコグネイトＯ−ｔＲＮＡを「優先的にアミノアシル化する」。即ち、Ｏ−ｔＲＮＡと所与の任意内在ｔＲＮＡがほぼ等モル比で翻訳系に存在するとき、Ｏ−ＲＳは内在ｔＲＮＡに負荷するよりも高頻度でＯ−ｔＲＮＡに負荷する。Ｏ−ＲＳにより負荷されるＯ−ｔＲＮＡとＯ−ＲＳにより負荷される内在ｔＲＮＡの相対比は高いことが好ましく、従って、Ｏ−ｔＲＮＡと内在ｔＲＮＡが等モル濃度で翻訳系に存在する場合にはＯ−ＲＳはＯ−ｔＲＮＡに排他的、又はほぼ排他的に負荷することが好ましい。Ｏ−ｔＲＮＡとＯ−ＲＳが等モル濃度で存在する場合にＯ−ＲＳにより負荷されるＯ−ｔＲＮＡと内在ｔＲＮＡの相対比は１：１を上回り、好ましくは少なくとも約２：１、より好ましくは５：１、更に好ましくは１０：１、更に好ましくは２０：１、更に好ましくは５０：１、更に好ましくは７５：１、更に好ましくは９５：１、９８：１、９９：１、１００：１、５００：１、１，０００：１、５，０００：１又はそれ以上である。]
[0060] （ａ）Ｏ−ＲＳが内在ｔＲＮＡに比較してＯ−ｔＲＮＡを優先的にアミノアシル化するとき、及び（ｂ）Ｏ−ＲＳがＯ−ｔＲＮＡを任意天然アミノ酸でアミノアシル化する場合に比較してそのアミノアシル化が非天然アミノ酸に特異的であるときにＯ−ＲＳは「Ｏ−ｔＲＮＡを非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する」。即ち、非天然アミノ酸と天然アミノ酸がＯ−ＲＳとＯ−ｔＲＮＡを含む翻訳系に等モル量で存在するとき、Ｏ−ＲＳは天然アミノ酸よりも高頻度で非天然アミノ酸をＯ−ｔＲＮＡに負荷する。非天然アミノ酸を負荷されたＯ−ｔＲＮＡと天然アミノ酸を負荷されたＯ−ｔＲＮＡの相対比は高いことが好ましい。Ｏ−ＲＳはＯ−ｔＲＮＡに排他的、又はほぼ排他的に非天然アミノ酸を負荷することがより好ましい。天然アミノ酸と非天然アミノ酸の両者が等モル濃度で翻訳系に存在するとき、Ｏ−ｔＲＮＡの非天然アミノ酸負荷とＯ−ｔＲＮＡの天然アミノ酸負荷の相対比は１：１を上回り、好ましくは少なくとも約２：１、より好ましくは５：１、更に好ましくは１０：１、更に好ましくは２０：１、更に好ましくは５０：１、更に好ましくは７５：１、更に好ましくは９５：１、９８：１、９９：１、１００：１、５００：１、１，０００：１、５，０００：１又はそれ以上である。]
[0061] 予防的処置：「予防的処置」とは疾患、疾病ないし病態の徴候もしくは症状を示さないか、又は疾患、疾病ないし病態の初期徴候もしくは症状しか示さない対象に施用する処置であり、疾患、疾病ないし病態を発症する危険を軽減、防止又は低下させる目的で施用する。予防的処置は疾患ないし病態に対する予防的処置として機能する。「予防活性」とは疾病、疾患ないし病態の徴候もしくは症状を示さない（又はその初期徴候もしくは症状しか示さない）対象に施用した場合に対象が疾病、疾患ないし病態を発症する危険を軽減、防止又は低下させる非天然免疫原及び／又は抗体、又はその組成物等の物質の活性である。「予防的に有用な」物質又は化合物（例えば本発明の非天然免疫原及び／又は抗体）とは疾病、疾患ないし病態の発症を軽減、防止、処置又は低下させるのに有用な物質又は化合物を意味する。]
[0062] セレクターコドン：「セレクターコドン」なる用語は翻訳プロセスでＯ−ｔＲＮＡにより認識され、内在ｔＲＮＡにより認識されないコドンを意味する。Ｏ−ｔＲＮＡアンチコドンループはｍＲＮＡ上のセレクターコドンを認識し、そのアミノ酸（例えば非天然アミノ酸）をポリペプチドのこの部位に組込む。セレクターコドンとしては例えば終止コドン（例えばアンバー、オーカー及びオパールコドン）等のナンセンスコドン、４塩基以上のコドン、レアコドン、天然又は非天然塩基対から誘導されるコドン及び／又は同等物を挙げることができる。]
[0063] 対象：本明細書で使用する「対象」なる用語は限定されないが、例えばヒト、非ヒト霊長類（例えばサル）、マウス、ブタ、ウシ、ヤギ、ウサギ、ラット、モルモット、ハムスター、ウマ、サル、ヒツジ、又は他の非ヒト哺乳動物を含む哺乳類と、例えば鳥類（例えばニワトリ又はアヒル）等の非哺乳類脊椎動物を含む非哺乳類を包含する。所定態様において、本発明の方法及び組成物は非ヒト動物を（予防的及び／又は治療的の両面で）処置するために使用される。多くの商業的に重要な動物は本発明で場合により処置することができる例えば各種癌又は自己免疫疾患、又は（例えばウイルス／細菌等の）各種感染症にかかり易い。]
[0064] 治療的処置：「治療的処置」とは疾病、疾患ないし病態の症状又は徴候を示す対象に施用する処置であり、例えば一般に徴候／症状を発生させた疾患状態を軽減及び／又は除去することにより、疾病、疾患ないし病態の徴候又は症状を軽減又は除去する目的で施用する。「治療活性」とは疾病、疾患ないし病態の徴候又は症状を示す対象に施用した場合に徴候又は症状を除去又は軽減する蛋白質及び／又は抗体、又はその組成物等の物質の活性である。「治療的に有用な」物質又は化合物（例えば非天然免疫原及び／又は抗体）とは疾病、疾患ないし病態のこのような徴候又は症状を軽減、処置又は除去するのに有用な物質又は化合物を意味する。]
[0065] 翻訳系：「翻訳系」なる用語は成長中のポリペプチド鎖（蛋白質）にアミノ酸を組込む成分を意味する。翻訳系の成分としては例えばリボソーム、ｔＲＮＡ、シンテターゼ、ｍＲＮＡ等を挙げることができる。]
[0066] 処置：本明細書で使用する「処置」は一般に感染もしくは再感染の予防、症状の軽減もしくは除去、及び／又は病原体もしくは疾患状態の実質的もしくは完全な除去を意味する。処置は例えば感染前、疾患状態の開始前、又は疾患状態の主要症状の発現前に予防的に実施してもよいし、例えば病原体の感染後、疾患状態の開始後、又は疾患状態の主要症状の発現後に治療的に実施してもよい。]
[0067] 非天然アミノ酸：本明細書で使用する「非天然アミノ酸」（ＵＡＡ）なる用語は２０種類の標準天然アミノ酸の１種又は希少天然アミノ酸（例えばセレノシステイン又はピロリジン）以外の任意アミノ酸、修飾アミノ酸、及び／又はアミノ酸類似体を意味する。例えば、本発明の各種態様では、非天然アミノ酸としてｐ−ニトロフェニルアラニン（図１Ａ）、ｐ−スルホチロシン、及びｐ−カルボキシフェニルアラニンを利用する。所定態様において、非天然アミノ酸としては、限定されないが、ｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンが挙げられる。この場合も、当然のことながら、本発明は特定の非天然アミノ酸に限定されない。非天然アミノ酸に関する他の情報については以下に記載する。] 図１Ａ
[0068] 当然のことながら、上記用語及びその他の用語については、以下に更に詳述／記載する。]
図面の簡単な説明

[0069] ｐＮＯ２Ｐｈｅの化学構造と、ｍＴＮＦα三量体の蛋白質構造と、ｐＮＯ２Ｐｈｅを突然変異体ｍＴＮＦα蛋白質に組込む効率と忠実度を調べるために実施した実験の結果を示す。
ｐＮＯ２Ｐｈｅの化学構造と、ｍＴＮＦα三量体の蛋白質構造と、ｐＮＯ２Ｐｈｅを突然変異体ｍＴＮＦα蛋白質に組込む効率と忠実度を調べるために実施した実験の結果を示す。]
[0070] ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαのＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析の結果を示す。]
[0071] ｗｔ−ｍＴＮＦαのＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析の結果を示す。]
[0072] 突然変異体ｍＴＮＦα蛋白質の三次構造に及ぼすＴｙｒ８６ｐＮＯ２Ｐｈｅ置換の影響を調べるために実施したＦＰＬＣ実験の結果を示す。]
[0073] 各種ｍＴＮＦα突然変異体のＮＦκＢ−Ｌｕｃ活性分析を示す。]
[0074] （ａ）ＰＢＳ、（ｂ）ＷＴ−ｍＴＮＦα、（ｃ）ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα又は（ｄ）Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαを免疫したＣ５７ＢＬ／６マウスの血清力価を示す。]
[0075] ｗｔ ｍＴＮＦα又はｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαを免疫したＢｃｌ２マウスのｗｔ ｍＴＮＦα及びｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαに対する血清力価を示す。]
[0076] アジュバントの不在下でｗｔ ｍＴＮＦα、又はｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαを免疫したＢｃｌ−２マウスの血清力価を測定するために実施したｗｔ ｍＴＮＦα又はｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαに対するＥＬＩＳＡの結果を示す。]
[0077] アジュバントの存在下又は不在下でＰｈｅ８６ｍＴＮＦαを免疫したＢｃｌ２マウスのｗｔ ｍＴＮＦα及びＰｈｅ８６ｍＴＮＦαに対する血清力価を示す。]
[0078] 図１０ＡはｐＮＯ２Ｐｈｅ４２ｍＴＮＦα又はＰｈｅ４２ｍＴＮＦαを免疫したＣ５７ＢＬ／６マウスのｗｔ ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２ｍＴＮＦα、及びＰｈｅ４２ｍＴＮＦαに対する血清力価を示す。図１０ＢはｐＮＯ２Ｐｈｅ１１ｍＴＮＦα又はＰｈｅ４２ｍＴＮＦαを免疫したＣ５７ＢＬ／６マウスのＷＴ ｍＴＮＦα、ＰＢＳ、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１ｍＴＮＦαに対する血清力価を示す。] 図１０Ａ 図１０Ｂ
[0079] ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαの免疫がＴＮＦα依存性重度内毒素血症モデルでマウスの生存率を改善するか否かを調べるために実施した実験の結果を示す。]
[0080] ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαのトリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳシーケンシングの結果を示す。]
[0081] Ｈｉｓ６−Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα（ＷＴ）又はＨｉｓ６−ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα上のＮ末端Ｈｉｓ６タグの存在がその後の免疫実験に影響を与えないことを示すために実施した実験の結果を示す。]
[0082] 血清力価持続性を測定するために実施した実験の結果を示す。]
[0083] Ｔ細胞増殖アッセイの結果を示す。]
[0084] ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα免疫が、ＷＴ ｍＴＮＦαに対する有意交差反応性を示し、マウスで少なくとも４０週間持続するＩｇＧ応答へのクラススイッチを促進することを示す。
ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα免疫が、ＷＴ ｍＴＮＦαに対する有意交差反応性を示し、マウスで少なくとも４０週間持続するＩｇＧ応答へのクラススイッチを促進することを示す。
ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα免疫が、ＷＴ ｍＴＮＦαに対する有意交差反応性を示し、マウスで少なくとも４０週間持続するＩｇＧ応答へのクラススイッチを促進することを示す。]
[0085] ｍＴＮＦα上の４カ所の表面露出部位が有意な免疫原性を示すことを示す。]
[0086] 各種ｐＮＯ２Ｐｈｅ ｍＴＮＦα突然変異体を免疫したマウスではリポ多糖（ＬＰＳ）攻撃後に有意な生存率利得があることを示す。]
[0087] 自己抗原ｍＲＢＰ４へのｐＮＯ２Ｐｈｅの組込みがｍＲＢＰ４に対する寛容低下を生じるか否かを調べるために実施した実験の結果を示す。]
[0088] ＷＴ ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦαにより誘導した寛容低下を持続できないことを示す。]
[0089] ３個のｍＴＮＦαフラグメントの質量分析を示す。
３個のｍＴＮＦαフラグメントの質量分析を示す。]
[0090] ３個のｍＴＮＦαフラグメントとの抗ｍＴＮＦα ｍＡｂの結合を示す。]
[0091] ｍＴＮＦαの表面露出部位へのｐＮＯ２Ｐｈｅの組込みを確認するために実施した実験の結果を示す。]
[0092] ｍＲＢＰ４の表面露出部位へのｐＮＯ２Ｐｈｅの組込みを確認するために実施した実験の結果を示す。]
[0093] ｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４とｐＮＯ２Ｐｈｅ１０８ｍＲＢＰ４のトリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳ分析がｐＮＯ２Ｐｈｅの組込みのパターンと一致することを示す。
ｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４とｐＮＯ２Ｐｈｅ１０８ｍＲＢＰ４のトリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳ分析がｐＮＯ２Ｐｈｅの組込みのパターンと一致することを示す。]
[0094] Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおけるｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４の免疫原性を測定するために実施した実験の結果を示す。]
[0095] （Ａ）はｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４のｐＮＯ２Ｐｈｅ含有トリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳシーケンシングの結果を示す。（Ｂ）はｐＮＯ２Ｐｈｅ１０８ｍＲＢＰ４のｐＮＯ２Ｐｈｅ含有トリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳシーケンシングの結果を示す。
（Ａ）はｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４のｐＮＯ２Ｐｈｅ含有トリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳシーケンシングの結果を示す。（Ｂ）はｐＮＯ２Ｐｈｅ１０８ｍＲＢＰ４のｐＮＯ２Ｐｈｅ含有トリプシン処理フラグメントのＭＳ／ＭＳシーケンシングの結果を示す。]
[0096] 概要
自己蛋白質もしくは他の自己分子に対する強い免疫応答を選択的に誘導できること、又は外来抗原の特定エピトープの免疫原性を強化できることは癌、蛋白質フォールディング病、及び感染症（例えば細菌、ウイルス、又は他の種類の感染症）を含む多数の疾患状態用のワクチンの製造に有意義である。本発明はワクチン接種に有利に使用することができる非天然免疫原を作製するため又は受動免疫用抗体を作製するために蛋白質への非天然アミノ酸の直接組込みを利用する。本発明において、非天然アミノ酸を組込む蛋白質はワクチン接種／免疫する対象の体内に存在する標的部分（例えば疾患関連部分）に対応する（又は対象の体内に存在することが可能な標的部分に対応する）。非天然アミノ酸を組込んだ免疫原を対象に投与する態様において、非天然アミノ酸の存在は非天然免疫原に対する免疫応答を誘起する。このような応答により産生される抗体は免疫原が由来する（又は対応する）天然標的部分に対して交差反応性であり、標的部分に対する免疫応答を誘発すると有利である。本発明の方法は対象の体内に存在する（又は存在することが可能な）非免疫原性又は低免疫原性標的部分に対する免疫応答を誘発するのに特に有用である。本発明は更に非天然免疫原（即ち非天然アミノ酸を含む免疫原）に対して産生される抗体でありながら、対象の体内に存在する（又は存在することが可能な）対応する天然標的部分（この場合も例えば疾患関連部分）に対して交差反応性の抗体を対象に投与する態様を含む。いずれの態様でも、本発明は生得自己蛋白質（例えばＴＮＦα）であるか、外来分子（例えば細菌抗原）であるかに関係なく、標的部分による攻撃に対する免疫防御を強化する。]
[0097] １例において、本明細書に記載する発明はＴＮＦαの活性に関連する疾病の治療及び／又は予防に有用であり得る組成物と方法を提供する。腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）は多くの慢性炎症性疾患（例えば敗血症ショック、関節リウマチ、脳マラリア、及びクローン病）の悪化及び／又は発症に関係する多面的サイトカインである。本発明は非天然ＴＮＦα（例えば抗体に接触可能な１個以上の免疫原性非天然アミノ酸を含むＴＮＦα）の作製方法を提供する。本発明は更にＴＮＦαに対する免疫寛容を解除するため、例えば生体の内在ＴＮＦαに対する免疫応答を誘発又は強化するように免疫系を誘導するために、非天然ＴＮＦαを使用する方法を提供する。例えば非天然ＴＮＦαに対して誘発され、ＴＮＦα上のエピトープと交差反応する抗体で内在ＴＮＦαを中和すると、例えば内毒素ショック、脳マラリア、自己免疫疾患、多臓器不全、多発性硬化症、心機能障害、アテローム性動脈硬化症、虚血再潅流傷害、インスリン抵抗性、関節リウマチ、クローン病、炎症性腸疾患、悪液質、敗血症ショック、エイズ、移植片対宿主病、細菌感染防御性肉芽腫、成人呼吸窮迫症候群、及び／又はシリカ肺線維症等の疾患の症状を緩和又は改善することができる。]
[0098] ＴＮＦαを含む所定態様では、高度に免疫原性のニトロフェニル部分を含む非天然アミノ酸ｐ−ニトロフェニルアラニンでｍＴＮＦα蛋白質の８６位のチロシン残基を置換し、有用な治療及び／又は予防特性をもつ非天然ＴＮＦα誘導体を生成する。対象（例えばマウス）における治療的及び／又は予防的処置に使用することができるその他の非天然ＴＮＦα誘導体としては、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、又はｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαが挙げられる。対象（例えばヒト）における治療的及び／又は予防的処置に使用することができるその他の非天然ＴＮＦα誘導体としては、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、又はｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαが挙げられる。]
[0099] 別の例において、本明細書に記載する発明は更にレチノール結合蛋白質４（ＲＢＰ４）の活性に関連する疾病の治療及び／又は予防に有用であり得る組成物と方法を提供する。ＲＢＰ４は例えばマシュー・ウッド症候群、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、及びシュタルガルト病等の存在／発症に関係があるとされている。]
[0100] 非天然免疫原による免疫寛容解除
現代医療の大きな課題の１つは特定の低免疫原性外来抗原の免疫原性を増加するため、例えば中和抗体を誘発するため、又は自己抗原に対する寛容を選択的に克服するための堅牢な方法の開発であった。自己と非自己を免疫学的に区別するプロセスで重要なのは、主に自己反応性Ｂ又はＴ細胞の不在又は不活性化による自己免疫疾患を避けるために、哺乳動物の免疫系を自己蛋白質に対して「寛容化」する自己寛容の概念である。これらの課題に対処するために、改良型アジュバント及びキャリヤーの開発、抗原への強力なＴ細胞特異的エピトープの導入、脂質複合、コンビネーションワクチン等の数種類のストラテジーが推進されている。例えばＤａｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １７：６６６（１９９９）；Ｍａｋｅｌａ，ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ １：３９９（２００２）；Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ８：６５８（１９９６）；Ｂａｌｄｒｉｄｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ Ａｄｊｕｖａｎｔｓ：Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ．Ｃ．Ｊ．Ｈａｃｋｅｔｔ，Ｈａｒｎ，Ｄ．Ａ．Ｊｒ．，Ｅｄｓ．（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００６），ｐｐ．２３５−２５５；及びＺｕａｎｙ−Ａｍｏｒｉｍ，ｅｔ ａｌ．（２００４）“Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ＴＮＦ−ａｌｐｈａ ａｕｔｏａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ Ａｕｔｏ Ｖａｃ ＴＮＦ１０６：ａ ｎｏｖｅｌ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ａｌｌｅｒｇｉｃ ｄｉｓｅａｓｅｓ”Ｉｎｔ Ａｒｃｈ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３３：１５４−１６３参照。ジアゾニウム誘導体で非特異的に高度に標識したウサギサイログロブリンをウサギに免疫すると、天然サイログロブリンに対する交差反応性抗体を誘導することが立証されている。Ｗｅｉｇｌｅ，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １２１：２８９（１９６５）参照。しかし、このようなアプローチは他の抗原等に応用するように改変／制御しにくい。また、自己癌細胞をジニトロフェニル基で非特異的に誘導体化する方法もメラノーマ患者でワクチンとして利用されている（Ｂｅｒｄ，Ｄ．（２００４）“Ｍ−Ｖａｘ：ａｎ ａｕｔｏｌｏｇｏｕｓ，ｈａｐｔｅｎ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｖａｃｃｉｎｅ ｆｏｒ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ”Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ３：５２１−５２７）。その他の参考文献については随所（例えば下記実施例）に引用する。]
[0101] 従来の試みと異なり、本発明は非天然免疫原を作製するために、標的部分（例えば疾患関連部分）の標的エピトープにおける１個以上の天然アミノ酸を（特定の所望位置で）１個以上の非天然アミノ酸（ＵＡＡ）により置換する。代替的又は付加的に、非天然免疫原を作製するために、１個以上の特定の非天然アミノ酸残基を標的部分の標的エピトープに付加することができる。このような非天然アミノ酸置換及び／又は付加により、（例えば対象の体内の）野生型（ｗｔ）天然標的蛋白質の対応する領域に対して強力な免疫応答（例えばＴ細胞応答及び／又はＢ細胞応答）を誘起することが可能であり且つ免疫原性で場合により構造的に保存性の１個以上のエピトープを非天然免疫原に形成することができる。また、以下に更に説明するように、非天然免疫原に応答して産生される交差反応性抗体は非天然アミノ酸を含まない対応する天然標的分子の領域にも特異的になり得る。下記参照。モノクローナル抗体又はキメラ薬剤を使用して寛容を解除しようとする従来の試みは高頻度の注射と大量の蛋白質を必要とするため、問題があったが、本発明は場合によりこれらの試みよりも優れていると思われる。本明細書に記載するように、所定態様では、本発明の非天然免疫原を利用して対象に産生される抗体の血清持続性により、処置中に必要なブースター免疫の頻度を減らすことができる。]
[0102] Ｂ細胞はＢＣＲ（Ｂ細胞受容体）又は膜結合型免疫グロブリンにより血液又はリンパ中の遊離（可溶性）抗原（例えば非天然免疫原）を認識する。抗原の認識後、Ｂ細胞はこれをインターナライズし、ＭＨＣと複合体化した抗原のフラグメントをその表面に提示する。活性化されると、Ｂ細胞はメモリーＢ細胞に分化することができ、抗原（非天然免疫原）が由来（対応）する疾患関連標的部分の中和等の作用、及び／又はエピトープが抗体に接触可能な感染性標的物質の破壊を助長できる抗体を産生及び分泌する。]
[0103] 抗原（例えば非天然免疫原）に特異的なＴ細胞（例えばＣＤ４＋Ｔ細胞）は例えばＢ細胞により提示されるＭＨＣと複合体化したペプチドフラグメントと結合する。その後、Ｔ細胞は増殖し、免疫細胞増殖分化を刺激するサイトカインを放出することができる。これらのプライミングされたＴ細胞の一部はメモリー細胞に分化し、例えば非天然免疫原が由来する標的（例えば疾患関連）部分に対する迅速な防御と、より迅速で有効な二次免疫応答を誘起する能力を付与する。この活性はＴリンパ球増殖アッセイで定量することができる（実施例１及び２参照）。]
[0104] ５０種類を越える非天然アミノ酸が特異的ナンセンス及びフレームシフトコドンに応答して細菌、酵母又は哺乳動物細胞で遺伝的にコードされている。例えばＷａｎｇ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９２：４９８（２００１）；Ｃｈｉｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０１：９６４（２００３）；Ｌｉｕ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ４：２３９（２００７）；Ａｎｄｅｒｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０１：７５６６（２００４）；及びＷａｎｇ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ ４４：３４（２００４）、並びに本明細書に引用するための参考文献参照。これらのアミノ酸としては、金属結合性アミノ酸、翻訳後修飾アミノ酸、蛍光アミノ酸、レドックス活性アミノ酸、光反応性アミノ酸及び化学反応性アミノ酸が挙げられる。例えば、フェニルアラニン誘導体であるｐ−ニトロフェニルアラニン（ｐＮＯ２Ｐｈｅ，図１Ａ）が分光距離プローブ用として高い忠実度と良好な効率でアンバーナンセンスコドンに応答して細菌の蛋白質に組込まれている。Ｔｓａｏ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ １２８：４５７２（２００６）参照。本明細書の実施例と記載ではｐＮＯ２Ｐｈｅの使用について述べるが、当然のことながら、これは限定的とみなすべきではなく、本発明は任意非天然アミノ酸の使用を包含する（例えば、限定されないが、本明細書に列挙するもの及び／又は本明細書に引用する参考文献に記載されているものが挙げられる）。本発明の各種態様で使用することができる非天然アミノ酸に関する他の情報について以下に記載する。] 図１Ａ
[0105] 非天然免疫原による免疫寛容解除の例
恐らくπ電子不足系は抗体結合部位と共通のＴｙｒ及びＴｒｐ側鎖と相互作用する傾向があるという理由から、ニトロアリール基は高度に免疫原性のハプテンとして従来から使用されている（Ｋｅｉｎａｎ，Ｅｄ．，Ｃａｔａｌｙｔｉｃ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，Ｗｅｉｎｈｅｉｍ，２００５），１−２８頁参照）。その密接な構造類似性により、該当標的部分（例えば疾患関連部分）におけるＰｈｅ→ｐＮＯ２Ｐｈｅ又はＴｙｒ→ｐＮＯ２Ｐｈｅ突然変異は免疫原が由来（対応）する野生型天然標的部分に対して交差反応性の強靭な免疫応答を誘発する免疫原を生じることができる。]
[0106] 従って、実施例に示すように、マウスに例えばマウス腫瘍壊死因子α（ｍＴＮＦα）のＴｙｒ８６→ｐＮＯ２Ｐｈｅ突然変異体を免疫すると、野生型ｍＴＮＦα（ｗｔ ｍＴＮＦα）に対する高力価抗体応答を生じ、マウスをリポ多糖（ＬＰＳ）攻撃に対して効果的に防御する。]
[0107] ｍＴＮＦαは感染、炎症及び自己免疫現象の調節に関与する十分に特性決定されたサイトカインであり（Ｖａｓｓａｌｌｉ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ １０：４１１（１９９２）参照）、その発現、構造、機能、及びシグナル伝達メカニズムを含むｍＴＮＦαの生物学的性質は広く研究されているため、本発明の各種側面を例証するための標的蛋白質としてｍＴＮＦαを選択した。例えばＶａｓｓａｌｌｉ，前出；Ｂａｅｙｅｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５５：７７２（１９９９）；Ｐｅｎｎｉｃａ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ８２：６０６０（１９８５）；Ｐａｓｐａｒａｋｉｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １８４：１３９７（１９９６）；Ｂａｅｙｅｎｓ，Ｈ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５３：３２９（１９９７）；及びＡｇｇａｒｗａｌ，Ｖｉｌｃｅｋ，Ｊ．，Ｅｄ．，Ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒｓ：ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ（Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２），１−５８７頁参照。更に、ｍＴＮＦαノックアウトマウスは生存可能であり、明白な表現型異常を示さない（Ｐａｓｐａｒａｋｉｓ，前出参照）ため、マウスはＴＮＦに対する中和免疫応答に耐え、ワクチン接種した動物を抗ＴＮＦα抗体産生と生物学的活性について分析できると思われる。更に、抗ＴＮＦα抗体（Ｋｎｉｇｈｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ３０：１４４３（１９９３）；及びＰｒｅｓｅｎｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４０：１３９８（１９９９））と可溶性キメラＴＮＦα受容体（Ｐｅｐｐｅｌ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １７４：１４８３（１９９１）；及びＷｉｌｌｉａｍｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ８４：４３３（１９９５））は関節リウマチの治療に広く使用されている。従って、臨床用のＴＮＦα特異的ワクチンが得られるならば望ましい（Ｄａｌｕｍ，前出；Ｓｐｏｈｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７８：７４５０（２００７）；Ｂｕａｎｅｃ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０３：１９４４２（２００６）；Ｃａｐｉｎｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ ２２：３１４４（２００４））。三量体ｍＴＮＦαのＸ線結晶構造（Ｂａｅｙｅｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５５：７７２（１９９９）；及びＢａｅｙｅｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５３：３２９（１９９７））に基づき、１個のＴｙｒ８６→ｐＮＯ２Ｐｈｅ突然変異体ｍＴＮＦα（ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６ｍＴＮＦα，図１Ｂ参照）を本発明の例証用抗原として選択した。Ｔｙｒ８６は各種哺乳動物ＴＮＦ間で高度に保存されており、この部位の突然変異は蛋白質フォールディング又は三量体形成に影響を与えないことが分かっている。Ｔｙｒ８６の突然変異は細胞毒性の有意低下も生じるため、ワクチン接種目的に有利である。例えばＶａｎ Ｏｓｔａｄｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ ７：５（１９９４）；Ｌｏｅｔｓｃｈｅｒ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６８：２６３５０（１９９３）；及びＺｈａｎｇ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６７：２４０６９（１９９２）参照。] 図１Ｂ
[0108] 実施例２は、例えばＴＮＦαに対するポリクローナルＩｇＧ抗体応答の性質と持続性を特性決定し、野生型レチノール結合蛋白質４、即ちｍＲＢＰ４に対する抗体応答の誘発を立証する（従って、免疫機能に無関係の自己蛋白質による本発明の使用を立証する）ことにより、本発明の広範な利用可能性を更に例証する。興味深いことに、実施例２は更に、ｐＮＯ２Ｐｈｅにより誘導される自己寛容解除がＷＴ ｍＴＮＦαの複数のエピトープに対する抗体応答を生じることも示し、前記エピトープは非天然免疫原ＴＮＦαのｐＮＯ２Ｐｈｅ残基を含む領域に対応する天然ＴＮＦαの領域を必ずしも含まない。従って、本発明の非天然免疫原を免疫する結果、免疫グロブリンエピトープスプレディングが生じ、誘導エピトープとは異なるエピトープが誘発中の免疫応答の主要標的となるという利点がある。下記参照。非天然免疫原が由来する疾患関連部分全体にわたるエピトープに対する免疫の拡大は、ワクチン設計で特に必要とされる現象である。免疫系が疾患関連部分上の複数の標的を攻撃する能力を強化すると、この部分に対する免疫応答の効率及び／又は強靭性を増すことができる。]
[0109] 当然のことながら、下記実施例の例証は本発明のＴＮＦα又はＲＰＢ４に止まらない。本明細書の記載から明らかなように、各種態様は非天然ＴＮＦα及びＲＰＢ４部分に任意非天然アミノ酸の１個以上を含むことができる。更に、このような非天然免疫原に存在する非天然アミノ酸は場合により免疫原内の任意位置に存在することができる。天然ＴＮＦα及びＲＢＰ４の対応する天然アミノ酸に置換する非天然アミノ酸は保存的アミノ酸置換でもよいし、非保存的アミノ酸置換でもよい。また、非天然免疫原性ＴＮＦα及びＲＢＰ４は多数の方法の任意のもので作製することができる。多くの態様は非天然アミノ酸の直接組込み手段として直交翻訳（下記参照）を利用するが、他の直接組込み法（例えばｉｎ ｖｉｔｒｏ翻訳系、固相合成法等）も場合により使用できる。本発明の態様は直交翻訳等の直接組込み法と併用又は追加使用する場合を除き、一般に翻訳後又は化学修飾法を使用しない。]
[0110] 免疫応答を増強／強化するための方法及び組成物
本明細書の実施例及び記載から明らかなように、本発明の非天然免疫原は標的部分に関連する疾患に対して防御性の（又は疾患状態を治療するために使用可能な）強靭な交差反応性抗体応答を天然標的部分（例えば非天然アミノ酸を含まない疾患関連蛋白質）に対して誘発することができる。従って、本発明は該当標的部分の特定エピトープ（例えば疾患関連部分の表面露出エピトープ又はＴ細胞エピトープ）に非天然アミノ酸を部位特異的に組込むことにより免疫自己寛容を解除することができる。例えば、以下の簡略スキームにおいて、標的部分（例えば疾患関連部分）はエピトープ１、２及び３を含む。非天然免疫原も前記部分のエピトープ１、２及び３に由来又は対応する（例えば同一配列をもつ）エピトープ１、２及び３を含む。他方、非天然免疫原のエピトープ２は標的部分の対応する天然アミノ酸に置換する非天然アミノ酸（星印で示す）を含む。非天然免疫原における非天然アミノ酸の存在は、標的部分の異なるエピトープを認識することができる交差反応性抗体の産生をもたらすことができる（エピトープスプレディング）。例えば、（非天然アミノ酸を含む非天然免疫原のエピトープに対応しない）エピトープ１及び３と（非天然アミノ酸をもつ非天然免疫原のエピトープに対応する）エピトープ２に対して交差反応性の抗体を産生することができる。]
[0111] 該当標的部分の特定エピトープに非天然アミノ酸を部位特異的に組込むことにより免疫自己寛容を解除し、非天然免疫原を作製する方法は、蛋白質フォールディング病や癌に関連するもの（例えば夫々アミロイドβ（１−４２）ペプチド又は前立腺特異的抗原）を含む多数の内在部分（例えば蛋白質）に適用可能である。更に、このアプローチは低免疫原性エピトープに対して強力な抗体応答を誘発し、外来標的部分（例えばウイルス、細菌、真菌、プリオン、又は寄生虫感染に起因する外来標的）に対して中和抗体を産生させることもできる。]
[0112] 当然のことながら、本発明の各種態様は、対象に接種すると、非天然免疫原に対する抗体、Ｂ細胞及び／又はＴ細胞でありながら標的部分（例えば非天然アミノ酸を含まず、対象の体内に存在するか又は対象の体内に存在することが可能な疾患関連部分）に対して交差反応性の抗体、Ｂ細胞及び／又はＴ細胞の産生をもたらす非天然免疫原（即ち１個以上の非天然アミノ酸を含むという点を除き、標的部分に対応する分子）の投与を利用する。更に他の態様では、天然標的部分と交差反応し、対象に予防／治療剤として投与される抗体を産生させるために非天然免疫原を使用することができる。]
[0113] 従って、所定態様において、本発明は１個以上の非天然アミノ酸を含む非天然免疫原を対象に投与することにより、対象の体内の標的部分（例えば疾患関連部分、対象の自己分子、対象の体内の病原体に由来する分子、又は対象の体内に存在することが可能な病原体に由来する分子等）に対する免疫（ないし免疫的）応答を誘発する方法を含む。非天然アミノ酸を含まない標的部分に対応する免疫原に対する抗体が対象により産生され、この抗体は特定標的部分に対して交差反応性である。この場合も、当然のことながら、産生される抗体は非天然免疫原上に非天然アミノ酸をもつエピトープに対応する標的部分上のエピトープに対して必ずしも特異的ではない。本発明の方法は標的（例えば疾患関連）部分に対する対象の免疫寛容を解除するために使用することができる。また、本明細書では直交翻訳系又は他の直接組込み法（下記参照）による作製について記載するが、免疫原性非天然抗原を作製後に他の方法（例えば化学修飾等）で修飾してもよい。このような間接法は一般に直交法等の直接組込み法と併用又は追加使用される。]
[0114] 以下により詳細に説明するように、対象に免疫応答を誘発するために使用する免疫原は一般に対象の体内の標的部分又は対象の体内に存在することが可能な標的部分（例えば対象に感染することが可能な細菌に由来する部分、対象に発生することが可能な腫瘍に由来する部分等）の「非天然」型を含む。換言するならば、非天然免疫原は場合により標的部分の１個以上のアミノ酸残基が非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、標的部分と同一のアミノ酸配列／構造を含むことができる（その他の例については下記実施例のセクション参照）。代替的又は付加的に、非天然免疫原は標的部分のアミノ酸配列に１個以上の非天然アミノ酸残基を付加した配列を含むことができる。特定態様において、非天然アミノ酸置換及び／又は付加は元の標的部分に対して非天然免疫原の立体配座構造を変化させない（又はごく僅かしか変化させない）。従って、非天然免疫原と標的部分の三次及び／又は四次構造は同一であるか、又は相互に非常に類似することができる。非天然免疫原における１個以上の非天然アミノ酸の配置は場合により、例えばその位置に配置することにより免疫原が由来する標的部分に対して免疫原の立体配座が変化するか否か、その位置により非天然アミノ酸が抗体に接触可能になるか（例えば抗体が非天然アミノ酸を含む領域と結合できるか）否か等に基づいて選択される。非天然免疫原に組込まれる非天然アミノ酸は（標的部分の対応する天然アミノ酸に対して）保存的置換でもよいし、非保存的置換でもよい。]
[0115] 本発明の他の態様は１種以上の非天然免疫原を投与することにより、及び／又はこのような非天然免疫原に対する抗体でありながら、対応する天然標的部分に対して交差反応性の１種以上の抗体を投与することにより、対象を予防的及び／又は治療的に処置する方法に関する。]
[0116] 本発明は更に少なくとも処置の対象になると予想される標的部分（例えば疾患関連部分）（例えばＴＮＦα）を同定することによるワクチン製造方法を含む態様を含む。当然のことながら、このような標的部分は一般に「天然」であり、非天然アミノ酸を含まない。前記方法は更に非天然免疫原、即ち１個以上の非天然アミノ酸（例えば非天然アミノ酸置換及び／又は付加）を含む標的部分の対応する「非天然」型を準備する段階を含む。この場合も、非天然免疫原を対象に投与すると、免疫原に対する抗体でありながら標的部分に対して交差反応性の抗体を産生するように、免疫原は標的部分と同一又はほぼ同一の構造立体配座を含むことができる。本発明は更にこのような方法により作製されたワクチンも含む。]
[0117] 当然のことながら、本発明の各種態様において、天然標的部分は免疫応答が誘発されるとき、及び／又は予防的処置が施用されるとき等に対象の体内に存在していてもよいし、存在していなくてもよい。従って、本発明の標的部分が対象の体内に存在すると記載する場合には、当然のことながら、標的部分が対象の体内に存在することが可能な場合も含む。従って、標的部分は対象に発生する可能性がある腫瘍に由来するものでもよいし、対象に感染する可能性がある感染性物質に由来するものでもよいし、その他のものでもよい。]
[0118] 従って、随所に説明するように、各種態様において、標的部分は疾患関連部分、生得部分、外来部分等とすることができる。標的部分はそれ自体非免疫原性でもよいし、部分免疫原性又は低免疫原性等でもよい。外来性の標的部分は任意生物（例えば細菌、ウイルス等）に由来することができる。自己標的部分は任意自己抗原（例えば腫瘍関連抗原等）とすることができる。非天然免疫原に組込まれる非天然アミノ酸は任意非天然アミノ酸とすることができ（下記参照）、免疫原の任意位置に配置することができる。標的部分における天然アミノ酸に対して、免疫原における非天然アミノ酸の置換は保存的置換でも非保存的置換でもよい。更に、以下に詳述するように、非天然免疫原は多数の直接組込み法（例えば直交翻訳、固相合成法等）の任意のものにより作製することができる。本発明の典型的な態様は翻訳後修飾や化学修飾等の間接組込み法により非天然免疫原を作製しない（但し、このような方法を場合により直交翻訳等の直接組込み法と併用又は追加使用することや、直交翻訳等の直接組込み法の後に使用することは可能である）。]
[0119] 疾患状態と疾患関連標的部分
本発明の方法及び組成物は多様な病態／疾患状態を予防的及び／又は治療的に処置するために使用することができる。例えば、本発明は免疫疾患の処置に使用することができる。このような免疫疾患としては限定されないが、自己免疫疾患（例えば糖尿病、関節炎、関節リウマチ、若年性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、多発性硬化症（例えばＴＲＡＩＬ、ＣＤ９５／ＣＤ９５等のＭＳ関連抗原に関連するもの）、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、自己免疫性甲状腺炎、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、湿疹様皮膚炎、乾癬、シェーグレン症候群、クローン病、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、潰瘍性大腸炎、喘息、アレルギー性喘息、皮膚エリテマトーデス、強皮症、膣炎、直腸炎、薬疹、癩性リバーサル反応、癩性結節性紅斑、自己免疫性ぶどう膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性出血性脳症、特発性両側性感音難聴、再生不良性貧血、純赤血球性貧血、特発性血小板減少症、多発軟骨炎、ウェゲナー肉芽腫症、慢性活動性肝炎、スティーブンス・ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーブス病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ぶどう膜炎及び間質性肺線維症）、移植片対宿主病、移植、及びアレルギー（例えばアトピー性アレルギー）が挙げられる。本発明は更に糖尿病／心血管病（例えばＲＢＰ４に関連するもの）等の非自己免疫／非感染性病原体を原因とする疾患状態や、アルツハイマー病（例えば疾患関連部分は例えばアミロイドβ４０、アミロイドβ４２等を含むことができる）等の特発性原因の疾患状態を処置することもできる。]
[0120] 本発明の方法及び組成物の各種態様はＴＮＦα活性に関連する疾患状態（例えば悪液質、敗血症ショック、細菌感染防御性肉芽腫、成人呼吸窮迫症候群、シリカ肺線維症、自己免疫疾患、多臓器不全、多発性硬化症、心機能障害、アテローム性動脈硬化症、虚血再潅流傷害、インスリン抵抗性、及び炎症性腸疾患等）を予防的及び／又は治療的に処置するために使用することもできる。本発明の他の態様はＲＢＰ４活性に関連する疾患状態（例えばマシュー・ウッド症候群、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、及びシュタルガルト病等）を予防的及び／又は治療的に処置するために使用することができる。]
[0121] 他の態様において、本発明の方法及び組成物は各種癌（例えば乳癌、前立腺癌、卵巣癌、肺癌、皮膚癌等）を予防的及び／又は治療的に処置するために使用することができる。このような処置としては限定されないが、腫瘍関連抗原が存在する癌の処置が挙げられる。多数の癌（例えば乳癌、前立腺癌、卵巣癌等）について腫瘍関連抗原が知られている。腫瘍関連抗原としては限定されないが、結腸癌と他の癌に由来する癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、及びＮＹ−ＥＳＯ（精巣の免疫特権領域及び各種腫瘍細胞で発現される非突然変異抗原）；同一組織に由来する正常及び新生細胞で発現される抗原である家系特異的腫瘍関連抗原（例えばメラノサイト−メラノーマ家系抗原ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、ｇｐ１００、ｇｐ７５、ｍｄａ−７、チロシナーゼ及びチロシナーゼ関連蛋白質、又は前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）及び前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）；腫瘍細胞中で突然変異した遺伝子又は正常細胞と異なる腫瘍内レベルで転写された遺伝子に由来するエピトープ蛋白質／ペプチド（例えば突然変異ｒａｓ、ｂｃｒ／ａｂ１再構成、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、突然変異又は野生型ｐ５３、チトクロームＰ４５０ １Ｂ１、及び異常発現イントロン配列（例えばＮ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ−Ｖ））；ミエローマ及びＢ細胞リンパ腫でユニークなイディオタイプを生成する免疫グロブリン遺伝子のクローン再構成；ヒトパピローマウイルス蛋白質Ｅ６及びＥ７等の腫瘍ウイルスプロセスに由来するエピトープ蛋白質／ペプチド；並びに癌胎児抗原やα胎児蛋白質等の腫瘍選択的発現を伴う非突然変異腫瘍胎児蛋白質が挙げられる。]
[0122] 特定態様において、本発明は卵巣癌を処置するために使用することができ、及び／又は標的疾患関連部分は例えば卵巣癌関連抗原、ＣＡ１９−９、ｐ５３、ＯＣＡＡ、ＨＯＸＢ７、Ｃａ１２５等を含むことができる。更に他の態様において、本発明は前立腺癌を処置するために使用することができ、及び／又は標的疾患関連部分は例えば前立腺癌関連抗原、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＴＡ−Ｉ等を含むことができる。本発明の他の態様は乳癌の処置を含むことができ、及び／又は標的疾患関連部分は例えばＣＡ１５−３、ＣＡ２７−２９、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ等を含むことができる。本発明で利用することができる腫瘍関連抗原に関するその他の情報は例えば“Ｔｕｍｏｒ−Ａｎｔｉｇｅｎｓ Ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ Ｂｙ Ｔ−Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ，”Ｂｏｏｎ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １２：３３７−３６５，１９９４；及び“Ａ ｌｉｓｔｉｎｇ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ，”Ｒｅｎｋｖｉｓｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ５０：（１）３−１５ ＭＡＲ ２００１に記載されている。]
[0123] 他の態様において、本発明は限定されないが、例えばＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ−１、ＣＸＣＲ４、又はＧ蛋白質共役型受容体（ＧＣＰＲ）のいずれか等の自己抗原に関連する疾患、障害等を処置するために使用することができる。本発明により対処することができる多数の腫瘍関連抗原及び対応する癌と、自己抗原及び免疫疾患が当業者に周知である。]
[0124] 所定態様において、本発明は非天然抗原がＨＩＶ／ＡＩＤＳに関連する標的疾患関連部分（例えばｇｐ１２０、ｇｐ４１、ｇｐ１６０等）に対応し得るＨＩＶ感染症の処置を含む。他の代表的なＨＩＶ部分としては、限定されないが、ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｔａｔ、ｎｅｆ、及びｒｅｖが挙げられる。]
[0125] 他の態様において、本発明はウイルス感染症を処置するために使用することができ、非天然免疫原はウイルスに関連する標的疾患関連部分に対応することができ、ウイルスとしては、例えばアデノウイルス、アルファウイルス、カリシウイルス（例えばカリシウイルスカブシド抗原）、コロナウイルス、ＣＭＶ（例えばｐｐ６５）、ジステンパーウイルス、エボラウイルス、エンテロウイルス、ＥＢＶ（例えばｇｐ３４０又は核抗原３Ａ）、フラビウイルス（例えばＨｅｐ Ｃ（例えばコア抗原））、ヘパドナウイルス（例えばＨｅｐ Ｂ（例えばＢ型肝炎コア又は表面抗原ＨｂｓＡｇ、ないしエンベロープＡｇ ｐｒｅ Ｓ２、もしくはｐｒｅ Ｓ１ ａｇ））、デルタ肝炎原因物質、Ｅ型もしくはＦ型肝炎ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス（例えばＶＰ１）、ＧＢＶ−Ｃ、ヘルペスウイルス（例えば単純ヘルペスウイルス蛋白質、例えばＩ型糖蛋白質ＧもしくはｇｐＤもしくはＣＰ２７、又は水痘帯状疱疹ウイルス糖蛋白質、例えばＩＥ６２もしくはｇｐ１ないしエンベロープ蛋白質）、免疫不全ウイルス（例えばＨＩＶ（例えばエンベロープ又はプロテアーゼ））、伝染性腹膜炎ウイルス、インフルエンザウイルス（例えばＡ型インフルエンザヘマグルチニン、ノイラミニダーゼ、又は核蛋白質）、ＬＣＭＶ（例えば核蛋白質）、白血病ウイルスマールブルグウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス（例えばＨＰＶ（例えばＨＰＶカプシド蛋白質））、パラインフルエンザウイルス（例えばヘマグルチニン／ノイラミニダーゼ）、パラミクソウイルス（例えばＲＳＶ（例えばＦ又はＧ蛋白質））、パルボウイルス、ペスチウイルス、ピコルナウイルス（例えばＶＰ１、ＶＰ２、もしくはＶＰ３等のポリオウイルスカプシドポリペプチド、又はＨｅｐ Ａ抗原）、ポックスウイルス（例えばエンベロープ蛋白質等のワクシニアウイルスポリペプチド）、狂犬病ウイルス（例えば狂犬病ウイルス糖蛋白質Ｇ）、レオウイルス、レトロウイルス、ライノウイルス（例えばヒトライノウイルスカプシド）、風疹ウイルス（例えばカプシド蛋白質）、又はロタウイルスが挙げられる。]
[0126] 更に他の態様において、本発明は細菌又はマイコバクテリア感染症を処置するために使用することができ、非天然免疫原は細菌又はマイコバクテリアに関連する標的疾患関連部分に対応するように作製することができ、細菌又はマイコバクテリアとしては、例えばアクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）（例えば百日咳菌表面蛋白質）、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）（例えばＢ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ ＯｓｐＡ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）（例えばブルセラ属菌表面蛋白質）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、キャプノサイトファーガ属（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）（例えばＣ．ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ表面蛋白質）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、デルマトフィルス属（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモバルトネラ属（Ｈａｅｍｏｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）（例えばｂ型インフルエンザ桿菌外膜蛋白質）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、Ｌ型菌、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）（例えば表面蛋白質）、結核菌等のマイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（例えばＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ ｌｉｐｏａｒａｂｉｎｏｍａｎｎａｎ、マイコバクテリアｍＡＰＧ、ＥＳＡＴ−６、Ａｇ８５Ｂ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）（例えば髄膜炎菌クラス１外膜蛋白質）、ネオリケッチア属（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ロシャリメア属（Ｒｏｃｈａｌｉｍａｅａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）（例えばブドウ球菌ＧＰ−１）、連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（例えば化膿連鎖球菌Ｍ蛋白質又は肺炎連鎖球菌莢膜多糖体又は連鎖球菌属表面蛋白質Ａｇ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）（例えばコレラ菌ＴｃｐＡピリンサブユニット）、及びエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）（例えばペスト菌Ｆ１及びＶ抗原）が挙げられる。]
[0127] 本発明の他の態様は真菌感染症の処置用の方法及び組成物等を含むことができ、作製される非天然免疫原は真菌に関連する標的疾患関連部分に対応することができ、真菌としては、例えばアブシジア属（Ａｂｓｉｄｉａ）、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アルタナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、バシジオボラス属（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、ビポラリス属（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）、ブラストミセス属（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス属（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）、コニディオボラス属（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、カーブラリア属（Ｃｕｒｖａｌａｒｉａ）、エピデルモフィトン属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）、エクソフィアラ属（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ）、ゲオトリクム属（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ）、ヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、マズレラ属（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ）、マラセチア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、ミクロスポラム属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）、モニリエラ属（Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌａ）、モルチエレラ属（Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ペシロミセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、フィアレモニウム属（Ｐｈｉａｌｅｍｏｎｉｕｍ）、フィアロフォラ属（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ）、プロトテカ属（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードアレシェリア属（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｃｈｅｒｉａ）、シュードミクロドキウム属（Ｐｓｅｕｄｏｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ）、ピシウム属（Ｐｙｔｈｉｕｍ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、スコレコバシディウム属（Ｓｃｏｌｅｃｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、スポロトリクス属（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、ステムフィリウム属（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｉｕｍ）、トリコフィトン属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）、トリコスポロン属（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、及びキシロハイファ属（Ｘｙｌｏｈｙｐｈａ）等が挙げられる。]
[0128] 本発明の所定態様は原生動物感染症の処置用の方法及び組成物等を含むことができ、作製される非天然免疫原は寄生原生動物に関連する標的疾患関連部分に対応することができ、寄生原生動物としては、例えばバベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バランチジウム属（Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、ベスノイチア属（Ｂｅｓｎｏｉｔｉａ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、エイメリア属（Ｅｉｍｅｒｉａ）、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）、エントアメーバ属（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）、ハモンディア属（Ｈａｍｍｏｎｄｉａ）、ヘパトゾーン属（Ｈｅｐａｔｏｚｏｏｎ）、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）（例えばｇｐ６３等のリーシュマニア主要表面糖蛋白質）、ミクロスポリジア属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、ネオスポラ属（Ｎｅｏｓｐｏｒａ）、ノゼマ属（Ｎｏｓｅｍａ）、ペンタトリコモナス属（Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）（例えば熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト周囲蛋白質（ＰｆＣＳＰ）、スポロゾイト表面蛋白質２（ＰｆＳＳＰ２）、肝細胞期抗原１のカルボキシル末端（ＰｆＬＳＡ１ｃ−ｔｅｒｍ）、輸送蛋白質１（ＰｆＥｘｐ−１）、Ｐｆｓ４８／４５、Ｐｆｓ２８、Ｐｆｓ２５、Ｐｆｓ２３０）、ニューモシスチス属（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、サルコシスチス属（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ）、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、タイレリア属（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ）、トキソプラズマ属（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、及びトリパノソーマ属（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）が挙げられる。]
[0129] 本発明の更に他の態様は蠕虫感染症の処置用の方法及び組成物を含むことができ、作製される非天然免疫原は寄生蠕虫に関連する標的疾患関連部分に対応することができ、寄生蠕虫としては、例えばアカントケイロネマ属（Ａｃａｎｔｈｏｃｈｅｉｌｏｎｅｍａ）、アエルロストロンギルス属（Ａｅｌｕｒｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アンシロストーマ属（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ）、アンギオストロンギルス属（Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アスカリス属（Ａｓｃａｒｉｓ）、ブルギア属（Ｂｒｕｇｉａ）、ブノストムーム属（Ｂｕｎｏｓｔｏｍｕｍ）、キャピラリア属（Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ）、チャベルチア属（Ｃｈａｂｅｒｔｉａ）、クーペリア属（Ｃｏｏｐｅｒｉａ）、クレノソーマ属（Ｃｒｅｎｏｓｏｍａ）、ジクチオカウルス属（Ｄｉｃｔｙｏｃａｕｌｕｓ）、ジオクトフィーマ属（Ｄｉｏｃｔｏｐｈｙｍｅ）、ジペタロネーマ属（Ｄｉｐｅｔａｌｏｎｅｍａ）、裂頭条虫属（Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ）、ジピリジウム属（Ｄｉｐｌｙｄｉｕｍ）、ディロフィラリア属（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、ドラクンクルス属（Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ）、エンテロビウス属（Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ）、フィラロイデス属（Ｆｉｌａｒｏｉｄｅｓ）、ヘモンクス属（Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ）、ラゴキラスカリス属（Ｌａｇｏｃｈｉｌａｓｃａｒｉｓ）、ロア糸状虫属ポリペプチド、マンソネラ属（Ｍａｎｓｏｎｅｌｌａ）、ムエレリウス属（Ｍｕｅｌｌｅｒｉｕｓ）、ナノフィエツス属（Ｎａｎｏｐｈｙｅｔｕｓ）、ネカトール属（Ｎｅｃａｔｏｒ）、ネマトジルス属（Ｎｅｍａｔｏｄｉｒｕｓ）、エソファゴストム属（Ｏｅｓｏｐｈａｇｏｓｔｏｍｕｍ）、オンコセルカ属（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ）、オピストルキス属（Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ）、オステルタギア属（Ｏｓｔｅｒｔａｇｉａ）、パラフィラリア属（Ｐａｒａｆｉｌａｒｉａ）、パラゴニムス属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）、パラスカリス属（Ｐａｒａｓｃａｒｉｓ）、フィサロプテラ属（Ｐｈｙｓａｌｏｐｔｅｒａ）、プロトストロンギルス属（Ｐｒｏｔｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、エノコログサ属（Ｓｅｔａｒｉａ）、スピロセルカ属（Ｓｐｉｒｏｃｅｒｃａ）、スピロメトラ属（Ｓｐｉｒｏｍｅｔｒａ）、ステファノフィラリア属（Ｓｔｅｐｈａｎｏｆｉｌａｒｉａ）、ストロンギロイデス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ）、ストロンギルス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、テラジア属（Ｔｈｅｌａｚｉａ）、トキサスカリス属（Ｔｏｘａｓｃａｒｉｓ）、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）、トリキネラ属（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ）、トリコストロンギルス属（Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、トリチュリス属（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ）、ウンシナリア属（Ｕｎｃｉｎａｒｉａ）、及びウケレリア属（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ）が挙げられる。]
[0130] 本発明の他の態様は外部寄生虫感染症の処置用の方法及び組成物を含むことができ、作製される非天然免疫原は外部寄生虫に関連する標的疾患関連部分に対応することができる。このような外部寄生虫としては、例えばノミ；マダニとヒメダニを含むダニ；ブヨ、蚊、サンドフライ、ブラックフライ、ホースフライ、ホーンフライ、ディアフライ、ツェツェバエ、サシバエ、蝿蛆症の原因となるハエ及びヌカバエ等のハエ類；アリ；クモ、シラミ；ケダニ；並びにナンキンムシやサシガメ等の半翅類昆虫が挙げられる。更に他の態様において、免疫原は花粉ないしアレルゲンの標的部分に対応することができる。]
[0131] 非天然アミノ酸
本明細書で使用する非天然アミノ酸とはセレノシステイン及び／又はピロリジンと２０種類の遺伝的にコードされる以下の標準αアミノ酸、即ちアラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン以外の任意アミノ酸、修飾アミノ酸又はアミノ酸類似体を意味する。本発明の各種態様において、非天然免疫原に組込まれる１個以上の非天然アミノ酸は任意非天然アミノ酸とすることができる。従って、当然のことながら、本明細書における特定非天然アミノ酸の列挙は必ずしも本発明を限定するとみなすべきではない。例えば直交成分を含む翻訳系を使用してｉｎ ｖｉｖｏコードすることにより多様な非天然アミノ酸が蛋白質に組込まれている。参考のために、例えばＬｉｕ，ｅｔ ａｌ．（２００７）“Ｇｅｎｅｔｉｃ ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｕｎｎａｔｕｒａｌ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓｉｎｔｏ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｃｅｌｌｓ”Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ４：２３９−２４４；Ｗａｎｇ，ｅｔ ａｌ．（２００６）“Ｅｘｐａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｄｅ”Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｂｉｏｍｏｌ Ｓｔｒｕｃｔ ３５：２２５−２４９；Ｘｉｅ ＆ Ｓｃｈｕｌｔｚ（２００６）“Ａ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｔｏｏｌｋｉｔ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ−ａｎ ｅｘｐａｎｄｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｄｅ”Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ７：７７５−７８２；Ｗａｎｇ ａｎｄ Ｓｃｈｕｌｔｚ“Ｅｘｐａｎｄｉｎｇ ｔｈｅ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｃｏｄｅ，”Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔ．Ｅｄ，４４（１）：３４−６６（２００５）及びＣｈｉｎ，ｅｔ ａｌ．（２００３）“Ａｎ ｅｘｐａｎｄｅｄ ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｄｅ”Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０１：９６４−９６７参照。]
[0132] 更に、本発明の各種態様では、例えばサプレッサーｔＲＮＡを所望の非天然アミノ酸で化学的にアシル化し、免疫原生合成に対応することが可能なｉｎ ｖｉｔｒｏ抽出液に添加する生合成法を使用して非天然アミノ酸を免疫原にｉｎ ｖｉｔｒｏ組込むことができる。このようなｉｎ ｖｉｔｒｏ合成法に関する記載については、例えばＶ．Ｗ．Ｃｏｒｎｉｓｈ，Ｄ．Ｍｅｎｄｅｌ ａｎｄ Ｐ．Ｇ．Ｓｃｈｕｌｔｚ，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，１９９５，３４：６２１（１９９５）；Ｃ．Ｊ．Ｎｏｒｅｎ，Ｓ．Ｊ．Ａｎｔｈｏｎｙ−Ｃａｈｉｌｌ，Ｍ．Ｃ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈ，Ｐ．Ｇ．Ｓｃｈｕｌｔｚ，“Ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｓｉｔｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｕｎｎａｔｕｒａｌ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓｉｎｔｏ ｐｒｏｔｅｉｎｓ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４ １８２−１８８（１９８９）；及びＪ．Ｄ．Ｂａｉｎ，Ｃ．Ｇ．Ｇｌａｂｅ，Ｔ．Ａ．Ｄｉｘ，Ａ．Ｒ．Ｃｈａｍｂｅｒｌｉｎ，Ｅ．Ｓ．Ｄｉａｌａ，“Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｓｉｔｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｎｏｎ−ｎａｔｕｒａｌ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｉｎｔｏ ａ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ，”Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１ ８０１３−８０１４（１９８９）参照。利用可能な合成ペプチド化学（又はこのような方法により天然アミノ酸を非天然アミノ酸に変換することもできる）、又は翻訳後プロセシングにより、天然生産又は合成生産された蛋白質に非天然アミノ酸を付加することもできる。しかし、この場合も当然のことながら、このような翻訳後修飾と化学修飾は一般に分子の合成中に１個以上の非天然アミノ酸の組込み（例えば直交翻訳、固相合成法等の直接組込み）との併用又は追加使用として実施する。従って、アミノ酸の翻訳後付加又は化学修飾は実施するとしても、一般に、分子の合成中に付加された非天然アミノ酸を既にもっている分子のみに実施する。免疫原への非天然アミノ酸の非直交組込みに関するその他の情報については以下に記載する。]
[0133] αアミノ酸の一般構造は式Ｉ：




により表される。]
[0134] 非天然アミノ酸は一般に式Ｉをもつ任意構造であり、式中、Ｒ基は２０種類の天然アミノ酸で使用されている以外の任意置換基である。２０種類の天然アミノ酸の構造については、例えばＬ．Ｓｔｒｙｅｒ著Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，第３版，１９８８，Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ参照。なお、例えば免疫応答を強化するために使用する本発明の非天然アミノ酸は上記２０種類のαアミノ酸以外の天然化合物でもよい。]
[0135] 本発明で使用する非天然アミノ酸は一般に側鎖が天然アミノ酸と異なるので、天然蛋白質と同様に他のアミノ酸（例えば天然又は非天然アミノ酸）とアミド結合を形成する。一方、非天然アミノ酸は天然アミノ酸と異なる側鎖基をもつ。]
[0136] 非天然アミノ酸において、例えば、式ＩにおけるＲは場合によりアルキル、アリール、アシル、ヒドラジン、シアノ、ハロ、ヒドラジド、アルケニル、エーテル、硼酸、ボロン酸、ホスホ、ホスホノ、ホスフィン、エノン、イミン、エステル、ヒドロキシルアミン、アミン基等又はその任意組合せを含む。他の該当非天然アミノ酸としては限定されないが、光架橋基をもつアミノ酸、スピン標識アミノ酸、蛍光アミノ酸、金属結合性アミノ酸、金属含有アミノ酸、放射性アミノ酸、新規官能基をもつアミノ酸、他の分子と共有又は非共有的に相互作用するアミノ酸、フォトケージド及び／又は光異性化可能なアミノ酸、ビオチン又はビオチン類似体を含有するアミノ酸、ケト含有アミノ酸、グリコシル化アミノ酸、アミノ酸側鎖と結合した糖部分、ポリエチレングリコール又はポリエーテルを含むアミノ酸、重原子置換アミノ酸、化学分解性又は光分解性アミノ酸、天然アミノ酸に対して延長側鎖（例えばポリエーテル又は例えば約５もしくは約１０炭素長を上回る長鎖炭化水素等）をもつアミノ酸、炭素結合糖含有アミノ酸、アミノチオ酸含有アミノ酸、並びに１個以上の毒性部分を含むアミノ酸が挙げられる。]
[0137] 別の側面において、本発明は下式ＩＶ：




により表される一般構造をもつ非天然アミノ酸を利用することができる。]
[0138] この構造をもつ非天然アミノ酸は一般にＲ１が２０種類の天然アミノ酸の１種（例えば、チロシン又はフェニルアラニン）で使用される置換基であり、Ｒ２がＲ２−Ｒ１として一緒になって２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかの側鎖以外のものとなるような置換基である任意構造である。従って、この種の非天然アミノ酸は天然アミノ酸誘導体とみなすことができる。]
[0139] 非天然アミノ酸は場合により例えば式ＩＩ及びＩＩＩ：




の構造により表されるような修飾主鎖構造も含むことができ、上記式中、Ｚは一般にＯＨ、ＮＨ２、ＳＨ、ＮＨ−Ｒ’又はＳ−Ｒ’を含み、ＸとＹは同一でも異なっていてもよく、一般にＳ又はＯであり、ＲとＲ’は場合により同一又は異なり、一般にＨ以外の任意置換基である（Ｒ’がＨである場合には、ＲはＬ配置をとる）。例えば、本発明の非天然アミノ酸は場合により式ＩＩ及びＩＩＩにより示すようにアミノ基又はカルボキシル基に置換を含むことができる。この種の非天然アミノ酸としては限定されないが、例えば２０種類の標準天然アミノ酸に対応する側鎖又は非天然側鎖をもつα−ヒドロキシ酸、α−チオ酸、α−アミノチオカルボキシレートが挙げられる。更に、α炭素における置換は場合によりＬ、Ｄ又はα，α−ジ置換アミノ酸（例えばＤ−グルタミン酸、Ｄ−アラニン、Ｄ−メチル−Ｏ−チロシン、アミノ酪酸等）を含む。他の代替構造としては環状アミノ酸（例えばプロリン類似体や、３、４、６、７、８及び９員環プロリン類似体）、β及びγアミノ酸（例えば置換β−アラニン及びγ−アミノ酪酸）が挙げられる。]
[0140] 所定側面において、本発明はＬ体の非天然アミノ酸を利用する。しかし、本発明はＬ体の非天然アミノ酸の使用に限定されるものではない。これらの非天然アミノ酸のＤ体も本発明で利用できると考えられる。]
[0141] 本発明の各種態様は、更に、パラ置換チロシン、オルト置換チロシン、及びメタ置換チロシン等のチロシン類似体を含むことができ、置換チロシンはアルキニル基、アセチル基、ベンゾイル基、アミノ基、ヒドラジン、ヒドロキシルアミン、チオール基、カルボキシ基、イソプロピル基、メチル基、Ｃ６−Ｃ２０直鎖又は分岐鎖炭化水素、飽和又は不飽和炭化水素、Ｏ−メチル基、ポリエーテル基、ニトロ基等を含む。更に、多置換アリール環も考えられる。本発明のグルタミン類似体としては限定されないが、α−ヒドロキシ誘導体、γ置換誘導体、環状誘導体及びアミド置換グルタミン誘導体が挙げられる。フェニルアラニン類似体の例としては限定されないが、パラ置換フェニルアラニン、オルト置換フェニルアラニン、及びメタ置換フェニルアラニンが挙げられ、置換基はアルキニル基、ヒドロキシ基、メトキシ基、メチル基、アリル基、アルデヒド、ニトロ、チオール基又はケト基等を含む。非天然アミノ酸の特定例としては限定されないが、ｐ−エチルチオカルボニル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−（３−オキソブタノイル）−Ｌ−フェニルアラニン、１，５−ダンシルアラニン、７−アミノクマリンアミノ酸、７−ヒドロキシクマリンアミノ酸、ニトロベンジルセリン、Ｏ−（２−ニトロベンジル）−Ｌ−チロシン、ｐ−カルボキシメチル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、ｍ−シアノ−Ｌ−フェニルアラニン、ビフェニルアラニン、３−アミノ−Ｌ−チロシン、ビピリジルアラニン、ｐ−（２−アミノ−１−ヒドロキシエチル）−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−イソプロピルチオカルボニル−Ｌ−フェニルアラニン、３−ニトロ−Ｌ−チロシン及びｐ−ニトロ−Ｌ−フェニルアラニンが挙げられる。更に、ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン、３，４−ジヒドロキシ−Ｌ−フェニルアラニン（ＤＨＰ）、３，４，６−トリヒドロキシ−Ｌ−フェニルアラニン、３，４，５−トリヒドロキシ−Ｌ−フェニルアラニン、４−ニトロフェニルアラニン、ｐ−アセチル−Ｌ−フェニルアラニン、Ｏ−メチル−Ｌ−チロシン、Ｌ−３−（２−ナフチル）アラニン、３−メチルフェニルアラニン、Ｏ−４−アリル−Ｌ−チロシン、４−プロピル−Ｌ−チロシン、３−ニトロチロシン、３−チオールチロシン、トリ−Ｏ−アセチル−ＧｌｃＮＡｃβ−セリン、Ｌ−ドーパ、フッ素化フェニルアラニン、イソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アジド−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アシル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニン、Ｌ−ホスホセリン、ホスホノセリン、ホスホノチロシン、ｐ−ヨードフェニルアラニン、ｐ−ブロモフェニルアラニン、ｐ−アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、及びイソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン等が挙げられる。本発明の各種態様に含むことができる他の非天然アミノ酸としては、例えばｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンが挙げられる。更に他の態様は、脂肪族、アリール又は複素環で置換されたボロン酸、ｐ−ボロノフェニルアラニン、ｏ−ボロノフェニルアラニン、又はｍ−ボロノフェニルアラニン等の非天然アミノ酸を含むことができる。本発明の各種態様において、非天然免疫原はグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化された（例えば翻訳後修飾以外の方法又は化学修飾以外の方法によりグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化された）２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以上を含む。直交翻訳系を使用して組込むことができる各種非天然アミノ酸の構造は公知である。各々その開示内容全体を本明細書に援用する本明細書に引用する参考文献参照。]
[0142] 非天然アミノ酸の化学的合成
上記非天然アミノ酸の多くは例えばＳｉｇｍａ（米国）やＡｌｄｒｉｃｈ（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ，ＷＩ，米国）から市販されている。市販されていないものは場合により各種刊行物に記載されている方法や当業者に公知の標準方法を使用して合成される。有機合成技術については、例えばＦｅｓｓｅｎｄｏｎとＦｅｓｓｅｎｄｏｎ著Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９８２，第２版，Ｗｉｌｌａｒｄ Ｇｒａｎｔ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｓｔｏｎ Ｍａｓｓ．）；Ｍａｒｃｈ著Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（第３版，１９８５，Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）；及びＣａｒｅｙとＳｕｎｄｂｅｒｇ著Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（第３版，Ｐａｒｔｓ Ａ ａｎｄ Ｂ，１９９０，Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）参照。非天然アミノ酸の合成について記載しているその他の刊行物としては、例えばＷＯ２００２／０８５９２３、発明の名称「非天然アミノ酸のインビボ組込み（Ｉｎ Ｖｉｖｏ Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｕｎｎａｔｕｒａｌ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄｓ）」；Ｍａｔｓｏｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，３８，４６６０−４６６９；Ｋｉｎｇ ａｎｄ Ｋｉｄｄ，（１９４９）“Ａ Ｎｅｗ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ ａｎｄ ｏｆ γ−Ｄｉｐｅｐｔｉｄｅｓ ｏｆ Ｇｌｕｔａｍｉｃ Ａｃｉｄ ｆｒｏｍ Ｐｈｔｈｙｌａｔｅｄ Ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅｓ，”Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，３３１５−３３１９；Ｆｒｉｅｄｍａｎ ａｎｄ Ｃｈａｔｔｅｒｒｊｉ（１９５９）“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ｏｆ Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ ａｓ Ｍｏｄｅｌ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ ｆｏｒ Ａｎｔｉ−Ｔｕｍｏｒ Ａｇｅｎｔｓ，”Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８１，３７５０−３７５２；Ｃｒａｉｇ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）“Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ｃｏｎｆｉｇｕｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒｓ ｏｆ ７−Ｃｈｌｏｒｏ−４［［４−（ｄｉｅｔｈｙｌａｍｉｎｏ）−１−ｍｅｔｈｙｌｂｕｔｙｌ］ａｍｉｎｏ］ｑｕｉｎｏｌｉｎｅ（Ｃｈｌｏｒｏｑｕｉｎｅ），”Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５３，１１６７−１１７０；Ａｚｏｕｌａｙ，ｅｔ ａｌ．（１９９１）“Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ ａｎａｌｏｇｕｅｓ ａｓ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ａｎｔｉｍａｌａｒｉａｌｓ，”Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２６，２０１−５；Ｋｏｓｋｉｎｅｎ ａｎｄ Ｒａｐｏｐｏｒｔ（１９８９）“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ４−Ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｄ Ｐｒｏｌｉｎｅｓ ａｓ Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌｌｙ Ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ，”Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５４，１８５９−１８６６；Ｃｈｒｉｓｔｉｅ ａｎｄ Ｒａｐｏｐｏｒｔ（１９８５）“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｏｐｔｉｃａｌｌｙ Ｐｕｒｅ Ｐｉｐｅｃｏｌａｔｅｓ ｆｒｏｍ Ｌ−Ａｓｐａｒａｇｉｎｅ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ｔｈｅ Ｔｏｔａｌ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ（＋）−Ａｐｏｖｉｎｃａｍｉｎｅ ｔｈｒｏｕｇｈ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄ Ｄｅｃａｒｂｏｎｙｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｉｎｉｕｍ Ｉｏｎ Ｃｙｃｌｉｚａｔｉｏｎ，”Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９８９：１８５９−１８６６；Ｂａｒｔｏｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９８７）“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ ａ−Ａｍｉｎｏ−Ａｃｉｄｓ ａｎｄ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｒａｄｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｌ−ａｎｄ Ｄ−ａ−Ａｍｉｎｏ−Ａｄｉｐｉｃ Ａｃｉｄｓ，Ｌ−ａ−ａｍｉｎｏｐｉｍｅｌｉｃ Ａｃｉｄ ａｎｄ Ａｐｐｒｏｐｒｉａｔｅ Ｕｎｓａｔｕｒａｔｅｄ Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ，”Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．４３：４２９７−４３０８；及びＳｕｂａｓｉｎｇｈｅ，ｅｔ ａｌ．，（１９９２）“Ｑｕｉｓｑｕａｌｉｃ ａｃｉｄ ａｎａｌｏｇｕｅｓ：ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｂｅｔａ−ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｉｃ ２−ａｍｉｎｏｐｒｏｐａｎｏｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ａｔ ａ ｎｏｖｅｌ ｑｕｉｓｑｕａｌａｔｅ−ｓｅｎｓｉｔｉｚｅｄ ｓｉｔｅ，”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３５：４６０２−７が挙げられる。国際公開ＷＯ２００４／０５８９４６、発明の名称「蛋白質アレー（ＰＲＯＴＥＩＮ ＡＲＲＡＹＳ）」（出願日２００３年１２月２２日）も参照。]
[0143] 非天然アミノ酸の細胞取込み
細胞による非天然アミノ酸取込みは例えば遺伝的にコードする直交対（セレクターコドンを認識するＯｔＲＮＡに負荷するＯＲＳ）により免疫原に組込むように非天然アミノ酸を設計及び選択する場合に一般に考慮される問題の１つである。例えば、αアミノ酸は電荷密度が高いため、取込みにくいと思われる。天然アミノ酸は異なる程度のアミノ酸特異性を示すことが多い一連の蛋白質輸送システムにより細胞に取込まれる。どの非天然アミノ酸が取り込まれるかを調べる迅速なスクリーニングを実施することができる。例えば国際公開ＷＯ２００４／０５８９４６、発明の名称「蛋白質アレー（ＰＲＯＴＥＩＮ ＡＲＲＡＹＳ）」（出願日２００３年１２月２２日）；及びＬｉｕ ａｎｄ Ｓｃｈｕｌｔｚ（１９９９）“Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｔｏｗａｒｄ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ｏｒｇａｎｉｓｍ ｗｉｔｈ ａｎ ｅｘｐａｎｄｅｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｄｅ”，ＰＮＡＳ ９６：４７８０−４７８５における毒性アッセイ参照。取込みは種々のアッセイで容易に分析されるが、細胞取込み経路に利用可能な非天然アミノ酸を設計する代替方法は、アミノ酸をｉｎ ｖｉｖｏ生産する生合成経路を提供する方法である。]
[0144] 非天然アミノ酸の生合成
細胞にはアミノ酸と他の化合物を生産するために多数の生合成経路が元々存在している。特定非天然アミノ酸の生合成法は自然界（例えば細胞中）には存在しないと思われるが、本発明の各種態様はこのような方法を提供する。例えば、新規酵素を付加するか又は既存宿主細胞経路を改変することにより、場合により宿主細胞で非天然アミノ酸の生合成経路を作製する。付加する新規酵素は場合により天然酵素又は人工的に進化させた酵素である。例えば、（ＷＯ２００２／０８５９２３，前出に記載されているような）ｐ−アミノフェニルアラニンの生合成は他の生物に由来する公知酵素の組合せの付加に依存している。これらの酵素の遺伝子はこれらの遺伝子を含むプラスミドで細胞を形質転換することにより細胞に導入することができる。これらの遺伝子は細胞で発現されると、所望化合物を合成するための酵素経路を提供する。場合により付加される酵素種の例は例えばＧｅｎｂａｎｋに登録されている。人工的に進化させた酵素も場合により同様に細胞に付加する。このように、非天然アミノ酸を生産するように細胞機構と細胞資源を操作する。]
[0145] 実際に、生合成経路で使用する新規酵素を生産するため又は非天然アミノを生産するように既存経路をｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ ｖｉｖｏで進化させるためには種々の方法の任意のものを使用することができる。非天然アミノ酸を生産するため（又は、実際に新規基質特異性もしくは他の該当活性をもつようにシンテターゼを進化させるため）には、酵素及び他の生合成経路成分を進化させる方法として利用可能な多数の方法を本発明に適用することができる。例えば、非天然アミノ酸を生産（又は新規シンテターゼを生産）するように新規酵素及び／又は前記酵素の経路をｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏで開発するためには、場合によりＤＮＡシャフリングを使用する。例えばＳｔｅｍｍｅｒ（１９９４）“Ｒａｐｉｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｂｙ ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ，”Ｎａｔｕｒｅ ３７０（４）：３８９−３９１；及びＳｔｅｍｍｅｒ（１９９４）“ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｂｙ ｒａｎｄｏｍ ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ：Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，”Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９１：１０７４７−１０７５１参照。関連アプローチは所望特性をもつ酵素を迅速に進化させるために関連（例えば相同）遺伝子のファミリーをシャフリングする。このような「ファミリー遺伝子シャフリング」法の１例はＣｒａｍｅｒｉ，ｅｔ ａｌ．，（１９９８）“ＤＮＡ ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ ｏｆ ａ ｆａｍｉｌｙ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ｆｒｏｍ ｄｉｖｅｒｓｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｓ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ”Ｎａｔｕｒｅ，３９１（６６６４）：２８８−２９１に記載されている。例えばＯｓｔｅｒｍｅｉｅｒ，ｅｔ ａｌ．，（１９９９）“Ａ ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｈｙｂｒｉｄ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｈｏｍｏｌｏｇｙ”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ １７：１２０５に記載されているような「ハイブリッド酵素作製用インクリメンタルトランケーション（ｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌ ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｃｒｅａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄ ｅｎｚｙｍｅｓ：ＩＴＣＨＹ）」と呼ばれるＤＮＡ組換え法を使用して（生合成経路成分であるか又はシンテターゼであるかを問わずに）新規酵素を作製することもできる。このアプローチは１種以上のｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏ組換え法の基質として使用することができる酵素又は他の経路変異体のライブラリーを作製するために使用することもできる。Ｏｓｔｅｒｍｅｉｅｒ，ｅｔ ａｌ．（１９９９）“Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｂｙ Ｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌ Ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ，”Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９６：３５６２−６７，及びＯｓｔｅｒｍｅｉｅｒ，ｅｔ ａｌ．（１９９９），“Ｉｎｃｒｅｍｅｎｔａｌ Ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ ａｓ ａ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｉｎ ｔｈｅ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｂｉｏｃａｔａｌｙｓｔｓ，”Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，７：２１３９−４４も参照。本発明で場合により使用される別のアプローチは例えば非天然アミノ酸（又は新規シンテターゼ）の生産に関連する生合成反応を触媒する能力について選択する酵素又は他の経路変異体のライブラリーを作製するために指数的集団突然変異誘発法を使用する。このアプローチでは、該当配列中の小群の残基を並行してランダムに突然変異させ、機能的蛋白質をもたらすアミノ酸を各変異位置で同定する。非天然アミノ酸（又は新規シンテターゼ）の生産用新規酵素を作製するように本発明に応用することができるこのような方法の例はＤｅｌｅｇｒａｖｅ ａｎｄ Ｙｏｕｖａｎ（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １１：１５４８−１５５２に記載されている。更に別のアプローチでは、例えばＡｒｋｉｎ ａｎｄ Ｙｏｕｖａｎ（１９９２）“Ｏｐｔｉｍｉｚｉｎｇ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｍｉｘｔｕｒｅｓ ｔｏ ｅｎｃｏｄｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｕｂｓｅｔｓ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓｆｏｒ ｓｅｍｉ−ｒａｎｄｏｍ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ”Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：２９７−３００；又はＲｅｉｄｈａａｒ−Ｏｌｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．（１９９１）“Ｒａｎｄｏｍ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｃａｓｓｅｔｔｅｓ”Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．２０８：５６４−８６の一般突然変異誘発法を使用することにより、酵素及び／又は経路成分改変にドープ又は縮重オリゴヌクレオチドを使用するランダム又は半ランダム突然変異誘発法を使用することができる。ポリヌクレオチドリアセンブリと部位飽和突然変異誘発を使用する更に別のアプローチ（「非確率論的」突然変異誘発法と呼ぶことが多い）を使用すると、酵素及び／又は経路成分を作製した後に、（例えば非天然アミノ酸のｉｎ ｖｉｖｏ生産のための）１種以上のシンテターゼ又は生合成経路機能を実施する能力についてスクリーニングすることができる。例えばＳｈｏｒｔのＷＯ００／４６３４４「遺伝子ワクチン及び酵素の非確率論的作製（ＮＯＮ−ＳＴＯＣＨＡＳＴＩＣ ＧＥＮＥＲＡＴＩＯＮ ＯＦ ＧＥＮＥＴＩＣ ＶＡＣＣＩＮＥＳＡＮＤ ＥＮＺＹＭＥＳ）」参照。]

权利要求:

請求項1
標的部分に対する免疫応答を対象で誘発又は強化するための方法であって、１個以上の非天然アミノ酸を含む非天然免疫原を準備する段階と；非天然免疫原を対象に投与し、非天然免疫原に対する抗体でありながら標的部分に対して交差反応性である１種以上の抗体を対象に産生させる段階を含み；それにより、標的部分に対する免疫応答を誘発又は強化する前記方法。
請求項2
免疫応答がＢ細胞介在性応答及び／又はＴ細胞介在性応答を含む請求項１に記載の方法。
請求項3
非天然免疫原を準備する段階が直交翻訳系で非天然免疫原を作製する段階を含む請求項１に記載の方法。
請求項4
非天然免疫原を準備する段階がｉｎｖｉｔｒｏ翻訳系で非天然免疫原を作製する段階を含む請求項１に記載の方法。
請求項5
非天然免疫原が２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以外の非天然アミノ酸を含む請求項１に記載の方法。
請求項6
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の化学修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項１に記載の方法。
請求項7
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の翻訳後修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項１に記載の方法。
請求項8
対象がヒト、サル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ニワトリ、小型鳥類、大型鳥類、爬虫類、及び両生類から構成される群から選択される請求項１に記載の方法。
請求項9
標的部分がポリペプチドを含む請求項１に記載の方法。
請求項10
標的部分がポリペプチド及び／又は糖質を含む請求項１に記載の方法。
請求項11
標的部分が対象の自己部分である請求項１に記載の方法。
請求項12
標的部分が疾患関連部分である請求項１１に記載の方法。
請求項13
自己部分が自己免疫疾患に関連する自己抗原、腫瘍関連抗原、アルツハイマー病関連抗原、アミロイドβ４０、アミロイドβ４２、乳癌関連抗原、卵巣癌関連抗原、前立腺癌関連抗原、ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、家系特異的腫瘍関連抗原、メラノサイト−メラノーマ家系抗原、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼもしくはチロシナーゼ関連蛋白質、チロシナーゼ関連蛋白質２、ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、突然変異ｒａｓ、再構成ｂｃｒ／ａｂ１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、突然変異もしくは野生型ｐ５３、チトクロームＰ４５０１Ｂ１、Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ−Ｖの異常発現イントロン配列、ＣＡ１９−９、ｐ５３、ＯＣＡＡ、ＨＯＸＢ７、Ｃａ１２５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＴＡ−１、Ｃａ１５−３、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ−１、ＣＸＣＲ４、Ｇ蛋白質共役型受容体（ＧＣＰＲ）、又はＣＡ２７−２９の１種以上である請求項１２に記載の方法。
請求項14
標的部分が対象の自己部分以外のものである請求項１に記載の方法。
請求項15
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、又はプリオンに由来する請求項１４に記載の方法。
請求項16
標的部分が細菌抗原、ウイルス抗原、真菌抗原、マイコプラズマ抗原、原生動物抗原、蠕虫抗原、プリオン抗原、ＨＩＶ抗原、ＨＩＶｇｐ１２０、ＨＩＶｇｐ４１、ＨＩＶｇａｇ、ＨＩＶｐｏｌ、ＨＩＶｅｎｖ、ＨＩＶｔａｔ、ＨＩＶｎｅｆ、ＨＩＶｒｅｖ、カリシウイルスカブシド抗原、Ｂ型肝炎コア抗原、Ｂ型肝炎表面抗原、デルタ肝炎原因物質、単純ヘルペスウイルス糖蛋白質、水痘帯状疱疹ウイルス糖蛋白質、インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルスノイラミニダーゼ、インフルエンザウイルス核蛋白質、ＨＰＶカブシド蛋白質、バラインフルエンザウイルスヘマグルチニン／ノイラミニダーゼ、ポリオウイルスカブシドポリペプチド、ＨｅｐＡ抗原、ワクシニアウイルスポリペプチド、狂犬病ウイルス糖蛋白質Ｇ、Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉＯｓｐＡ、ｂ型インフルエンザ桿菌外膜蛋白質、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｉｐｏａｒａｂｉｎｏｍａｎｎａｎ、マイコバクテリウムｍＡＰＧ、化膿連鎖球菌Ｍ蛋白質、肺炎連鎖球菌莢膜多糖体、ペスト菌Ｆ１、ペスト菌Ｖ抗原、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト周囲蛋白質（ＰｆＣＳＰ）、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト表面蛋白質２（ＰｆＳＳＰ２）、肝細胞期抗原１の熱帯熱マラリア原虫カルボキシル末端（ＰｆＬＳＡ１ｃ−ｔｅｒｍ）、熱帯熱マラリア原虫輸送蛋白質１（ＰｆＥｘｐ−１）、Ｐｆｓ４８／４５、Ｐｆｓ２８、Ｐｆｓ２５、又はＰｆｓ２３０の１種以上である請求項１５に記載の方法。
請求項17
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、プリオン、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、キャプノサイトファーガ属（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、デルマトフィルス属（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモバルトネラ属（Ｈａｅｍｏｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、Ｌ型菌、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ネオリケッチア属（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ロシャリメア属（Ｒｏｃｈａｌｉｍａｅａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、アデノウイルス、アルファウイルス、カリシウイルス、コロナウイルス、ＣＭＶ、ジステンパーウイルス、エボラウイルス、エンテロウイルス、ＥＢＶ、フラビウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヘパドナウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、デルタ肝炎原因物質、Ｅ型もしくはＦ型肝炎ウイルス、ＧＢＶ−Ｃ、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、免疫不全ウイルス、ＨＩＶ、伝染性腹膜炎ウイルス、インフルエンザウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、白血病ウイルスマールブルグウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、ＨＰＶ、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ＲＳＶ、パルボウイルス、ペスチウイルス、ピコルナウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、狂犬病ウイルス、レオウイルス、レトロウイルス、ロタウイルス、アブシジア属（Ａｂｓｉｄｉａ）、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アルタナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、バシジオボラス属（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、ビポラリス属（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）、ブラストミセス属（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス属（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）、コニディオボラス属（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、カーブラリア属（Ｃｕｒｖａｌａｒｉａ）、エピデルモフィトン属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）、エクソフィアラ属（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ）、ゲオトリクム属（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ）、ヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、マズレラ属（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ）、マラセチア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、ミクロスポラム属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）、モニリエラ属（Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌａ）、モルチエレラ属（Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ペシロミセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、フィアレモニウム属（Ｐｈｉａｌｅｍｏｎｉｕｍ）、フィアロフォラ属（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ）、プロトテカ属（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードアレシェリア属（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｃｈｅｒｉａ）、シュードミクロドキウム属（Ｐｓｅｕｄｏｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ）、ピシウム属（Ｐｙｔｈｉｕｍ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、スコレコバシディウム属（Ｓｃｏｌｅｃｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、スポロトリクス属（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、ステムフィリウム属（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｉｕｍ）、トリコフィトン属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）、トリコスポロン属（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、キシロハイファ属（Ｘｙｌｏｈｙｐｈａ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バランチジウム属（Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、ベスノイチア属（Ｂｅｓｎｏｉｔｉａ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、エイメリア属（Ｅｉｍｅｒｉａ）、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）、エントアメーバ属（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）、ハモンディア属（Ｈａｍｍｏｎｄｉａ）、ヘパトゾーン属（Ｈｅｐａｔｏｚｏｏｎ）、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、ミクロスポリジア属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、ネオスポラ属（Ｎｅｏｓｐｏｒａ）、ノゼマ属（Ｎｏｓｅｍａ）、ペンタトリコモナス属（Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、ニューモシスチス属（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、サルコシスチス属（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ）、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、タイレリア属（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ）、トキソプラズマ属（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、トリパノソーマ属（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）、アカントケイロネマ属（Ａｃａｎｔｈｏｃｈｅｉｌｏｎｅｍａ）、アエルロストロンギルス属（Ａｅｌｕｒｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アンシロストーマ属（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ）、アンギオストロンギルス属（Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アスカリス属（Ａｓｃａｒｉｓ）、ブルギア属（Ｂｒｕｇｉａ）、ブノストムーム属（Ｂｕｎｏｓｔｏｍｕｍ）、キャピラリア属（Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ）、チャベルチア属（Ｃｈａｂｅｒｔｉａ）、クーペリア属（Ｃｏｏｐｅｒｉａ）、クレノソーマ属（Ｃｒｅｎｏｓｏｍａ）、ジクチオカウルス属（Ｄｉｃｔｙｏｃａｕｌｕｓ）、ジオクトフィーマ属（Ｄｉｏｃｔｏｐｈｙｍｅ）、ジペタロネーマ属（Ｄｉｐｅｔａｌｏｎｅｍａ）、裂頭条虫属（Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ）、ジピリジウム属（Ｄｉｐｌｙｄｉｕｍ）、ディロフィラリア属（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、ドラクンクルス属（Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ）、エンテロビウス属（Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ）、フィラロイデス属（Ｆｉｌａｒｏｉｄｅｓ）、ヘモンクス属（Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ）、ラゴキラスカリス属（Ｌａｇｏｃｈｉｌａｓｃａｒｉｓ）、ロア糸状虫属ポリペプチド、マンソネラ属（Ｍａｎｓｏｎｅｌｌａ）、ムエレリウス属（Ｍｕｅｌｌｅｒｉｕｓ）、ナノフィエツス属（Ｎａｎｏｐｈｙｅｔｕｓ）、ネカトール属（Ｎｅｃａｔｏｒ）、ネマトジルス属（Ｎｅｍａｔｏｄｉｒｕｓ）、エソファゴストム属（Ｏｅｓｏｐｈａｇｏｓｔｏｍｕｍ）、オンコセルカ属（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ）、オピストルキス属（Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ）、オステルタギア属（Ｏｓｔｅｒｔａｇｉａ）、パラフィラリア属（Ｐａｒａｆｉｌａｒｉａ）、パラゴニムス属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）、パラスカリス属（Ｐａｒａｓｃａｒｉｓ）、フィサロプテラ属（Ｐｈｙｓａｌｏｐｔｅｒａ）、プロトストロンギルス属（Ｐｒｏｔｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、エノコログサ属（Ｓｅｔａｒｉａ）、スピロセルカ属（Ｓｐｉｒｏｃｅｒｃａ）、スピロメトラ属（Ｓｐｉｒｏｍｅｔｒａ）、ステファノフィラリア属（Ｓｔｅｐｈａｎｏｆｉｌａｒｉａ）、ストロンギロイデス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ）、ストロンギルス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、テラジア属（Ｔｈｅｌａｚｉａ）、トキサスカリス属（Ｔｏｘａｓｃａｒｉｓ）、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）、トリキネラ属（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ）、トリコストロンギルス属（Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、トリチュリス属（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ）、ウンシナリア属（Ｕｎｃｉｎａｒｉａ）、又はウケレリア属（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ）の１種以上に由来する請求項１５に記載の方法。
請求項18
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第１の配列の１個以上の天然アミノ酸が第２の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項１に記載の方法。
請求項19
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第２のアミノ酸配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項１に記載の方法。
請求項20
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項１に記載の方法。
請求項21
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して異なる配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項１に記載の方法。
請求項22
非天然免疫原上の対応するエピトープ上の異なる配列が１個以上の非天然アミノ酸を含む請求項２１に記載の方法。
請求項23
１個以上の非天然アミノ酸が抗体に接触可能である請求項１に記載の方法。
請求項24
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の構造を含む請求項１に記載の方法。
請求項25
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含む請求項１に記載の方法。
請求項26
非天然アミノ酸が２０種類の標準アミノ酸の１種以外のものであり、非天然アミノ酸が下式：（式中、Ｒは２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかで使用される側鎖以外の任意置換基であり；Ｒ１は２０種類の標準天然アミノ酸の１種で使用される任意置換基であり；Ｒ２はＲ２−Ｒ１が一緒になって２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかの側鎖以外のものとなるような任意置換基であり；ＺはＯＨ、ＮＨ２、ＳＨ、ＮＨ−Ｒ’又はＳ−Ｒ’であり；Ｒ’はＨ以外の任意置換基であり；Ｘ及びＹは各々Ｓ又はＯである）の構造を含む請求項１に記載の方法。
請求項27
非天然アミノ酸がｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンから構成される群から選択される請求項１に記載の方法。
請求項28
標的部分がＴＮＦαである請求項１２に記載の方法。
請求項29
対象がマウスであり、標的部分がｍＴＮＦαであり、免疫原が非天然ｍＴＮＦαである請求項２８に記載の方法。
請求項30
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαを含む請求項２９に記載の方法。
請求項31
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαから構成される群から選択される請求項２９に記載の方法。
請求項32
対象がヒトであり、標的部分がｈＴＮＦαであり、免疫原が非天然ｈＴＮＦαである請求項２８に記載の方法。
請求項33
非天然ｈＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαから構成される群から選択される請求項３２に記載の方法。
請求項34
対象における疾患状態を予防的又は治療的に処置する方法であって、前記方法が非天然免疫原を対象に投与する段階を含み、前記免疫原が１個以上の非天然アミノ酸を含み、前記非天然免疫原が疾患状態に関連する標的部分であって対象の体内に存在する１個以上の標的部分又は対象の体内に存在することが可能な１個以上の標的部分に対して交差反応性の抗体の産生を対象の体内で刺激する前記方法。
請求項35
対象における疾患状態を予防的又は治療的に処置する方法であって、前記方法が、１個以上の標的部分に対する抗体を作製する段階として、１個以上の非天然アミノ酸を含む非天然免疫原に対する抗体でありながら標的部分に交差反応性の抗体を作製する段階と；抗体を対象に投与する段階を含む前記方法。
請求項36
予防的又は治療的処置が対象にＢ細胞介在性応答及び／又はＴ細胞介在性応答を誘起する段階を含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項37
非天然免疫原を直交翻訳系で作製する請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項38
非天然免疫原をｉｎｖｉｔｒｏ翻訳系で作製する請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項39
非天然免疫原が翻訳後修飾又は化学修飾されたアミノ酸を含まない請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項40
非天然免疫原が２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以外の非天然アミノ酸を含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項41
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の化学修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項42
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の翻訳後修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項43
疾患状態が自己免疫疾患、癌、細菌感染症、ウイルス感染症、真菌感染症、マイコプラズマ感染症、プリオン感染症、原生動物感染症、又は蠕虫感染症である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項44
対象がヒト、サル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ニワトリ、小型鳥類、大型鳥類、爬虫類、及び両生類から構成される群から選択される請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項45
標的部分がポリペプチドを含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項46
標的部分がポリペプチド及び／又は糖質を含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項47
標的部分が対象の自己部分である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項48
標的部分が疾患関連部分である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項49
標的部分が自己免疫疾患に関連する自己抗原、腫瘍関連抗原、アルツハイマー病関連抗原、アミロイドβ４０、アミロイドβ４２、乳癌関連抗原、卵巣癌関連抗原、前立腺癌関連抗原、ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、家系特異的腫瘍関連抗原、メラノサイト−メラノーマ家系抗原、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼもしくはチロシナーゼ関連蛋白質、チロシナーゼ関連蛋白質２、ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、突然変異ｒａｓ、再構成ｂｃｒ／ａｂ１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、突然変異もしくは野生型ｐ５３、チトクロームＰ４５０１Ｂ１、Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ−Ｖの異常発現イントロン配列、ＣＡ１９−９、ｐ５３、ＯＣＡＡ、ＨＯＸＢ７、Ｃａ１２５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＴＡ−１、Ｃａ１５−３、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ−１、ＣＸＣＲ４、Ｇ蛋白質共役型受容体（ＧＣＰＲ）、又はＣＡ２７−２９の１種以上である請求項４８に記載の方法。
請求項50
標的部分が対象の自己部分以外のものである請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項51
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、又はプリオンに由来する請求項５０に記載の方法。
請求項52
標的部分が細菌抗原、ウイルス抗原、真菌抗原、マイコプラズマ抗原、原生動物抗原、蠕虫抗原、プリオン抗原、ＨＩＶ抗原、ＨＩＶｇｐ１２０、ＨＩＶｇｐ４１、ＨＩＶｇａｇ、ＨＩＶｐｏｌ、ＨＩＶｅｎｖ、ＨＩＶｔａｔ、ＨＩＶｎｅｆ、ＨＩＶｒｅｖ、カリシウイルスカブシド抗原、Ｂ型肝炎コア抗原、Ｂ型肝炎表面抗原、デルタ肝炎原因物質、単純ヘルペスウイルス糖蛋白質、水痘帯状疱疹ウイルス糖蛋白質、インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルスノイラミニダーゼ、インフルエンザウイルス核蛋白質、ＨＰＶカブシド蛋白質、バラインフルエンザウイルスヘマグルチニン／ノイラミニダーゼ、ポリオウイルスカブシドポリペプチド、ＨｅｐＡ抗原、ワクシニアウイルスポリペプチド、狂犬病ウイルス糖蛋白質Ｇ、Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉＯｓｐＡ、ｂ型インフルエンザ桿菌外膜蛋白質、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｉｐｏａｒａｂｉｎｏｍａｎｎａｎ、マイコバクテリウムｍＡＰＧ、化膿連鎖球菌Ｍ蛋白質、肺炎連鎖球菌莢膜多糖体、ペスト菌Ｆ１、ペスト菌Ｖ抗原、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト周囲蛋白質（ＰｆＣＳＰ）、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト表面蛋白質２（ＰｆＳＳＰ２）、肝細胞期抗原１の熱帯熱マラリア原虫カルボキシル末端（ＰｆＬＳＡ１ｃ−ｔｅｒｍ）、熱帯熱マラリア原虫輸送蛋白質１（ＰｆＥｘｐ−１）、Ｐｆｓ４８／４５、Ｐｆｓ２８、Ｐｆｓ２５、又はＰｆｓ２３０の１種以上である請求項５１に記載の方法。
請求項53
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、プリオン、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、キャプノサイトファーガ属（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、デルマトフィルス属（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモバルトネラ属（Ｈａｅｍｏｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、Ｌ型菌、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ネオリケッチア属（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ロシャリメア属（Ｒｏｃｈａｌｉｍａｅａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、アデノウイルス、アルファウイルス、カリシウイルス、コロナウイルス、ＣＭＶ、ジステンパーウイルス、エボラウイルス、エンテロウイルス、ＥＢＶ、フラビウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヘパドナウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、デルタ肝炎原因物質、Ｅ型もしくはＦ型肝炎ウイルス、ＧＢＶ−Ｃ、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、免疫不全ウイルス、ＨＩＶ、伝染性腹膜炎ウイルス、インフルエンザウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、白血病ウイルスマールブルグウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、ＨＰＶ、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ＲＳＶ、パルボウイルス、ペスチウイルス、ピコルナウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、狂犬病ウイルス、レオウイルス、レトロウイルス、ロタウイルス、アブシジア属（Ａｂｓｉｄｉａ）、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アルタナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、バシジオボラス属（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、ビポラリス属（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）、ブラストミセス属（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス属（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）、コニディオボラス属（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、カーブラリア属（Ｃｕｒｖａｌａｒｉａ）、エピデルモフィトン属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）、エクソフィアラ属（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ）、ゲオトリクム属（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ）、ヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、マズレラ属（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ）、マラセチア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、ミクロスポラム属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）、モニリエラ属（Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌａ）、モルチエレラ属（Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ペシロミセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、フィアレモニウム属（Ｐｈｉａｌｅｍｏｎｉｕｍ）、フィアロフォラ属（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ）、プロトテカ属（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードアレシェリア属（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｃｈｅｒｉａ）、シュードミクロドキウム属（Ｐｓｅｕｄｏｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ）、ピシウム属（Ｐｙｔｈｉｕｍ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、スコレコバシディウム属（Ｓｃｏｌｅｃｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、スポロトリクス属（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、ステムフィリウム属（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｉｕｍ）、トリコフィトン属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）、トリコスポロン属（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、キシロハイファ属（Ｘｙｌｏｈｙｐｈａ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バランチジウム属（Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、ベスノイチア属（Ｂｅｓｎｏｉｔｉａ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、エイメリア属（Ｅｉｍｅｒｉａ）、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）、エントアメーバ属（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）、ハモンディア属（Ｈａｍｍｏｎｄｉａ）、ヘパトゾーン属（Ｈｅｐａｔｏｚｏｏｎ）、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、ミクロスポリジア属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、ネオスポラ属（Ｎｅｏｓｐｏｒａ）、ノゼマ属（Ｎｏｓｅｍａ）、ペンタトリコモナス属（Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、ニューモシスチス属（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、サルコシスチス属（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ）、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、タイレリア属（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ）、トキソプラズマ属（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、トリパノソーマ属（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）、アカントケイロネマ属（Ａｃａｎｔｈｏｃｈｅｉｌｏｎｅｍａ）、アエルロストロンギルス属（Ａｅｌｕｒｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アンシロストーマ属（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ）、アンギオストロンギルス属（Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アスカリス属（Ａｓｃａｒｉｓ）、ブルギア属（Ｂｒｕｇｉａ）、ブノストムーム属（Ｂｕｎｏｓｔｏｍｕｍ）、キャピラリア属（Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ）、チャベルチア属（Ｃｈａｂｅｒｔｉａ）、クーペリア属（Ｃｏｏｐｅｒｉａ）、クレノソーマ属（Ｃｒｅｎｏｓｏｍａ）、ジクチオカウルス属（Ｄｉｃｔｙｏｃａｕｌｕｓ）、ジオクトフィーマ属（Ｄｉｏｃｔｏｐｈｙｍｅ）、ジペタロネーマ属（Ｄｉｐｅｔａｌｏｎｅｍａ）、裂頭条虫属（Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ）、ジピリジウム属（Ｄｉｐｌｙｄｉｕｍ）、ディロフィラリア属（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、ドラクンクルス属（Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ）、エンテロビウス属（Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ）、フィラロイデス属（Ｆｉｌａｒｏｉｄｅｓ）、ヘモンクス属（Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ）、ラゴキラスカリス属（Ｌａｇｏｃｈｉｌａｓｃａｒｉｓ）、ロア糸状虫属ポリペプチド、マンソネラ属（Ｍａｎｓｏｎｅｌｌａ）、ムエレリウス属（Ｍｕｅｌｌｅｒｉｕｓ）、ナノフィエツス属（Ｎａｎｏｐｈｙｅｔｕｓ）、ネカトール属（Ｎｅｃａｔｏｒ）、ネマトジルス属（Ｎｅｍａｔｏｄｉｒｕｓ）、エソファゴストム属（Ｏｅｓｏｐｈａｇｏｓｔｏｍｕｍ）、オンコセルカ属（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ）、オピストルキス属（Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ）、オステルタギア属（Ｏｓｔｅｒｔａｇｉａ）、パラフィラリア属（Ｐａｒａｆｉｌａｒｉａ）、パラゴニムス属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）、パラスカリス属（Ｐａｒａｓｃａｒｉｓ）、フィサロプテラ属（Ｐｈｙｓａｌｏｐｔｅｒａ）、プロトストロンギルス属（Ｐｒｏｔｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、エノコログサ属（Ｓｅｔａｒｉａ）、スピロセルカ属（Ｓｐｉｒｏｃｅｒｃａ）、スピロメトラ属（Ｓｐｉｒｏｍｅｔｒａ）、ステファノフィラリア属（Ｓｔｅｐｈａｎｏｆｉｌａｒｉａ）、ストロンギロイデス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ）、ストロンギルス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、テラジア属（Ｔｈｅｌａｚｉａ）、トキサスカリス属（Ｔｏｘａｓｃａｒｉｓ）、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）、トリキネラ属（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ）、トリコストロンギルス属（Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、トリチュリス属（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ）、ウンシナリア属（Ｕｎｃｉｎａｒｉａ）、又はウケレリア属（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ）の１種以上に由来する請求項５１に記載の方法。
請求項54
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第１の配列の１個以上の天然アミノ酸が第２の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項55
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第２のアミノ酸配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項56
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項57
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して異なる配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項58
非天然免疫原上の対応するエピトープ上の異なる配列が１個以上の非天然アミノ酸を含む請求項５７に記載の方法。
請求項59
１個以上の非天然アミノ酸が抗体に接触可能である請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項60
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の構造を含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項61
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含む請求項６０に記載の方法。
請求項62
非天然アミノ酸が２０種類の標準アミノ酸の１種以外のものであり、非天然アミノ酸が下式：（式中、Ｒは２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかで使用される側鎖以外の任意置換基であり；Ｒ１は２０種類の標準天然アミノ酸の１種で使用される任意置換基であり；Ｒ２はＲ２−Ｒ１が一緒になって２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかの側鎖以外のものとなるような任意置換基であり；ＺはＯＨ、ＮＨ２、ＳＨ、ＮＨ−Ｒ’又はＳ−Ｒ’であり；Ｒ’はＨ以外の任意置換基であり；Ｘ及びＹは各々Ｓ又はＯである）の構造を含む請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項63
非天然アミノ酸がｐ−ニトロフェニルアラニンである請求項に記載の方法。
請求項64
非天然アミノ酸がｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンから構成される群から選択される請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項65
標的部分がＴＮＦαである請求項３４又は３５に記載の方法。
請求項66
疾患状態が内毒素ショック、脳マラリア、自己免疫疾患、多臓器不全、多発性硬化症、心機能障害、アテローム性動脈硬化症、虚血再潅流傷害、インスリン抵抗性、関節リウマチ、クローン病、炎症性腸疾患、悪液質、敗血症ショック、エイズ、移植片対宿主病、細菌感染防御性肉芽腫、成人呼吸窮迫症候群、及びシリカ肺線維症の１種以上である請求項６５に記載の方法。
請求項67
対象がマウスであり、標的部分がｍＴＮＦαであり、免疫原が非天然ｍＴＮＦαである請求項６５に記載の方法。
請求項68
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαを含む請求項６７に記載の方法。
請求項69
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαから構成される群から選択される請求項６７に記載の方法。
請求項70
対象がヒトであり、標的部分がｈＴＮＦαであり、免疫原が非天然ｈＴＮＦαである請求項６５に記載の方法。
請求項71
非天然ｈＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαから構成される群から選択される請求項７０に記載の方法。
請求項72
ワクチンの製造方法であって、非天然アミノ酸を含まない抗体治療用標的部分を同定する段階と；１個以上の非天然アミノ酸を含み、対象に投与すると、対象が非天然免疫原に対する抗体でありながら標的部分に対して交差反応性の抗体を産生するように標的部分と構造的に類似する非天然免疫原を準備する段階と；非天然免疫原を１種以上の医薬的に許容可能なアジュバント、キャリヤー又は賦形剤と混合し、ワクチンを製造する段階を含む前記方法。
請求項73
非天然免疫原を準備する段階が直交翻訳系で非天然免疫原を作製する段階を含む請求項７２に記載の方法。
請求項74
非天然免疫原を準備する段階がｉｎｖｉｔｒｏ翻訳系で非天然免疫原を作製する段階を含む請求項７２に記載の方法。
請求項75
非天然免疫原が２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以外の非天然アミノ酸を含む請求項７２に記載の方法。
請求項76
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の化学修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項７２に記載の方法。
請求項77
免疫原の２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種の翻訳後修飾以外の方法で非天然免疫原を作製する請求項７２に記載の方法。
請求項78
対象がヒト、サル、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ニワトリ、小型鳥類、大型鳥類、爬虫類、及び両生類から構成される群から選択される請求項７２に記載の方法。
請求項79
標的部分がポリペプチドを含む請求項７２に記載の方法。
請求項80
標的部分がポリペプチド及び／又は糖質を含む請求項７２に記載の方法。
請求項81
標的部分が対象の自己部分である請求項７２に記載の方法。
請求項82
標的部分が疾患関連部分である請求項７２に記載の方法。
請求項83
標的部分が自己免疫疾患に関連する自己抗原、腫瘍関連抗原、アルツハイマー病関連抗原、アミロイドβ４０、アミロイドβ４２、乳癌関連抗原、卵巣癌関連抗原、前立腺癌関連抗原、ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、家系特異的腫瘍関連抗原、メラノサイト−メラノーマ家系抗原、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、チロシナーゼもしくはチロシナーゼ関連蛋白質、チロシナーゼ関連蛋白質２、ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、突然変異ｒａｓ、再構成ｂｃｒ／ａｂ１、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、突然変異もしくは野生型ｐ５３、チトクロームＰ４５０１Ｂ１、Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ−Ｖの異常発現イントロン配列、ＣＡ１９−９、ｐ５３、ＯＣＡＡ、ＨＯＸＢ７、Ｃａ１２５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＴＡ−１、Ｃａ１５−３、ＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ−１、ＣＸＣＲ４、Ｇ蛋白質共役型受容体（ＧＣＰＲ）、又はＣＡ２７−２９の１種以上である請求項８２に記載の方法。
請求項84
標的部分が対象の自己部分以外のものである請求項７２に記載の方法。
請求項85
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、又はプリオンに由来する請求項８４に記載の方法。
請求項86
標的部分が細菌抗原、ウイルス抗原、真菌抗原、マイコプラズマ抗原、原生動物抗原、蠕虫抗原、プリオン抗原、ＨＩＶ抗原、ＨＩＶｇｐ１２０、ＨＩＶｇｐ４１、ＨＩＶｇａｇ、ＨＩＶｐｏｌ、ＨＩＶｅｎｖ、ＨＩＶｔａｔ、ＨＩＶｎｅｆ、ＨＩＶｒｅｖ、カリシウイルスカブシド抗原、Ｂ型肝炎コア抗原、Ｂ型肝炎表面抗原、デルタ肝炎原因物質、単純ヘルペスウイルス糖蛋白質、水痘帯状疱疹ウイルス糖蛋白質、インフルエンザウイルスヘマグルチニン、インフルエンザウイルスノイラミニダーゼ、インフルエンザウイルス核蛋白質、ＨＰＶカブシド蛋白質、バラインフルエンザウイルスヘマグルチニン／ノイラミニダーゼ、ポリオウイルスカブシドポリペプチド、ＨｅｐＡ抗原、ワクシニアウイルスポリペプチド、狂犬病ウイルス糖蛋白質Ｇ、Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉＯｓｐＡ、ｂ型インフルエンザ桿菌外膜蛋白質、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｌｉｐｏａｒａｂｉｎｏｍａｎｎａｎ、マイコバクテリウムｍＡＰＧ、化膿連鎖球菌Ｍ蛋白質、肺炎連鎖球菌莢膜多糖体、ペスト菌Ｆ１、ペスト菌Ｖ抗原、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト周囲蛋白質（ＰｆＣＳＰ）、熱帯熱マラリア原虫スポロゾイト表面蛋白質２（ＰｆＳＳＰ２）、肝細胞期抗原１の熱帯熱マラリア原虫カルボキシル末端（ＰｆＬＳＡ１ｃ−ｔｅｒｍ）、熱帯熱マラリア原虫輸送蛋白質１（ＰｆＥｘｐ−１）、Ｐｆｓ４８／４５、Ｐｆｓ２８、Ｐｆｓ２５、又はＰｆｓ２３０の１種以上である請求項８５に記載の方法。
請求項87
標的部分が細菌、ウイルス、真菌、マイコプラズマ、原生動物、蠕虫、プリオン、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、バルトネラ属（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、キャプノサイトファーガ属（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、デルマトフィルス属（Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘモバルトネラ属（Ｈａｅｍｏｂａｒｔｏｎｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、Ｌ型菌、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ネオリケッチア属（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ノカルジア属（Ｎｏｃａｒｄｉａ）、パスツレラ属（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ）、ペプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、肺炎球菌（Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、ロシャリメア属（Ｒｏｃｈａｌｉｍａｅａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、アデノウイルス、アルファウイルス、カリシウイルス、コロナウイルス、ＣＭＶ、ジステンパーウイルス、エボラウイルス、エンテロウイルス、ＥＢＶ、フラビウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヘパドナウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、デルタ肝炎原因物質、Ｅ型もしくはＦ型肝炎ウイルス、ＧＢＶ−Ｃ、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、免疫不全ウイルス、ＨＩＶ、伝染性腹膜炎ウイルス、インフルエンザウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、白血病ウイルスマールブルグウイルス、オルトミクソウイルス、パピローマウイルス、ＨＰＶ、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ＲＳＶ、パルボウイルス、ペスチウイルス、ピコルナウイルス、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ワクシニアウイルス、狂犬病ウイルス、レオウイルス、レトロウイルス、ロタウイルス、アブシジア属（Ａｂｓｉｄｉａ）、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アルタナリア属（Ａｌｔｅｒｎａｒｉａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、バシジオボラス属（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、ビポラリス属（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）、ブラストミセス属（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス属（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ）、コニディオボラス属（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、カーブラリア属（Ｃｕｒｖａｌａｒｉａ）、エピデルモフィトン属（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）、エクソフィアラ属（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ）、ゲオトリクム属（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ）、ヒストプラズマ属（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ）、マズレラ属（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ）、マラセチア属（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）、ミクロスポラム属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）、モニリエラ属（Ｍｏｎｉｌｉｅｌｌａ）、モルチエレラ属（Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ペシロミセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、フィアレモニウム属（Ｐｈｉａｌｅｍｏｎｉｕｍ）、フィアロフォラ属（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ）、プロトテカ属（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードアレシェリア属（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｃｈｅｒｉａ）、シュードミクロドキウム属（Ｐｓｅｕｄｏｍｉｃｒｏｄｏｃｈｉｕｍ）、ピシウム属（Ｐｙｔｈｉｕｍ）、リノスポリジウム属（Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、リゾプス属（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ）、スコレコバシディウム属（Ｓｃｏｌｅｃｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、スポロトリクス属（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、ステムフィリウム属（Ｓｔｅｍｐｈｙｌｉｕｍ）、トリコフィトン属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）、トリコスポロン属（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）、キシロハイファ属（Ｘｙｌｏｈｙｐｈａ）、バベシア属（Ｂａｂｅｓｉａ）、バランチジウム属（Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、ベスノイチア属（Ｂｅｓｎｏｉｔｉａ）、クリプトスポリジウム属（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、エイメリア属（Ｅｉｍｅｒｉａ）、エンセファリトゾーン属（Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏｏｎ）、エントアメーバ属（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、ジアルジア属（Ｇｉａｒｄｉａ）、ハモンディア属（Ｈａｍｍｏｎｄｉａ）、ヘパトゾーン属（Ｈｅｐａｔｏｚｏｏｎ）、イソスポラ属（Ｉｓｏｓｐｏｒａ）、リーシュマニア属（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、ミクロスポリジア属（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ）、ネオスポラ属（Ｎｅｏｓｐｏｒａ）、ノゼマ属（Ｎｏｓｅｍａ）、ペンタトリコモナス属（Ｐｅｎｔａｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、プラスモジウム属（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、ニューモシスチス属（Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ）、サルコシスチス属（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ）、住血吸虫属（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、タイレリア属（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ）、トキソプラズマ属（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、トリパノソーマ属（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）、アカントケイロネマ属（Ａｃａｎｔｈｏｃｈｅｉｌｏｎｅｍａ）、アエルロストロンギルス属（Ａｅｌｕｒｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アンシロストーマ属（Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ）、アンギオストロンギルス属（Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、アスカリス属（Ａｓｃａｒｉｓ）、ブルギア属（Ｂｒｕｇｉａ）、ブノストムーム属（Ｂｕｎｏｓｔｏｍｕｍ）、キャピラリア属（Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ）、チャベルチア属（Ｃｈａｂｅｒｔｉａ）、クーペリア属（Ｃｏｏｐｅｒｉａ）、クレノソーマ属（Ｃｒｅｎｏｓｏｍａ）、ジクチオカウルス属（Ｄｉｃｔｙｏｃａｕｌｕｓ）、ジオクトフィーマ属（Ｄｉｏｃｔｏｐｈｙｍｅ）、ジペタロネーマ属（Ｄｉｐｅｔａｌｏｎｅｍａ）、裂頭条虫属（Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ）、ジピリジウム属（Ｄｉｐｌｙｄｉｕｍ）、ディロフィラリア属（Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ）、ドラクンクルス属（Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ）、エンテロビウス属（Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ）、フィラロイデス属（Ｆｉｌａｒｏｉｄｅｓ）、ヘモンクス属（Ｈａｅｍｏｎｃｈｕｓ）、ラゴキラスカリス属（Ｌａｇｏｃｈｉｌａｓｃａｒｉｓ）、ロア糸状虫属ポリペプチド、マンソネラ属（Ｍａｎｓｏｎｅｌｌａ）、ムエレリウス属（Ｍｕｅｌｌｅｒｉｕｓ）、ナノフィエツス属（Ｎａｎｏｐｈｙｅｔｕｓ）、ネカトール属（Ｎｅｃａｔｏｒ）、ネマトジルス属（Ｎｅｍａｔｏｄｉｒｕｓ）、エソファゴストム属（Ｏｅｓｏｐｈａｇｏｓｔｏｍｕｍ）、オンコセルカ属（Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ）、オピストルキス属（Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ）、オステルタギア属（Ｏｓｔｅｒｔａｇｉａ）、パラフィラリア属（Ｐａｒａｆｉｌａｒｉａ）、パラゴニムス属（Ｐａｒａｇｏｎｉｍｕｓ）、パラスカリス属（Ｐａｒａｓｃａｒｉｓ）、フィサロプテラ属（Ｐｈｙｓａｌｏｐｔｅｒａ）、プロトストロンギルス属（Ｐｒｏｔｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、エノコログサ属（Ｓｅｔａｒｉａ）、スピロセルカ属（Ｓｐｉｒｏｃｅｒｃａ）、スピロメトラ属（Ｓｐｉｒｏｍｅｔｒａ）、ステファノフィラリア属（Ｓｔｅｐｈａｎｏｆｉｌａｒｉａ）、ストロンギロイデス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ）、ストロンギルス属（Ｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、テラジア属（Ｔｈｅｌａｚｉａ）、トキサスカリス属（Ｔｏｘａｓｃａｒｉｓ）、トキソカラ属（Ｔｏｘｏｃａｒａ）、トリキネラ属（Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ）、トリコストロンギルス属（Ｔｒｉｃｈｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ）、トリチュリス属（Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ）、ウンシナリア属（Ｕｎｃｉｎａｒｉａ）、又はウケレリア属（Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ）の１種以上に由来する請求項８５に記載の方法。
請求項88
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第１の配列の１個以上の天然アミノ酸が第２の配列では１個以上の非天然アミノ酸で置換されているという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項７２に記載の方法。
請求項89
標的部分が第１のアミノ酸配列を含み、非天然免疫原が第２のアミノ酸配列を含み、前記第２の配列は第２のアミノ酸配列が更に１個以上の付加的な非天然アミノ酸を含むという点を除き、第１のアミノ酸配列と同一である請求項７２に記載の方法。
請求項90
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して同一の配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項７２に記載の方法。
請求項91
１種以上の交差反応性抗体が非天然免疫原上の対応するエピトープに対して異なる配列を含む標的部分上のエピトープに特異的である請求項７２に記載の方法。
請求項92
非天然免疫原上の対応するエピトープ上の異なる配列が１個以上の非天然アミノ酸を含む請求項９１に記載の方法。
請求項93
１個以上の非天然アミノ酸が抗体に接触可能である請求項７２に記載の方法。
請求項94
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の構造を含む請求項７２に記載の方法。
請求項95
非天然免疫原が標的部分と実質的に同様の三次及び／又は四次構造を含む請求項９４に記載の方法。
請求項96
非天然アミノ酸が２０種類の標準天然アミノ酸の１種以外のものであり、非天然アミノ酸が下式：（式中、Ｒは２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかで使用される側鎖以外の任意置換基であり；Ｒ１は２０種類の標準天然アミノ酸の１種で使用される任意置換基であり；Ｒ２はＲ２−Ｒ１が一緒になって２０種類の標準天然アミノ酸のいずれかの側鎖以外のものとなるような任意置換基であり；ＺはＯＨ、ＮＨ２、ＳＨ、ＮＨ−Ｒ’又はＳ−Ｒ’であり；Ｒ’はＨ以外の任意置換基であり；Ｘ及びＹは各々Ｓ又はＯである）の構造を含む請求項７２に記載の方法。
請求項97
非天然アミノ酸がｐ−ニトロフェニルアラニン、ｏ−ニトロフェニルアラニン、ｍ−ニトロフェニルアラニン、ｐ−ボロニルＰｈｅ、ｏ−ボロニルＰｈｅ、ｍ−ボロニルＰｈｅ、ｐ−アミノＰｈｅ、ｏ−アミノＰｈｅ、ｍ−アミノＰｈｅ、ｐ−アシルＰｈｅ、ｏ−アシルＰｈｅ、ｍ−アシルＰｈｅ、ｐ−ＯＭｅＰｈｅ、ｏ−ＯＭｅＰｈｅ、ｍ−ＯＭｅＰｈｅ、ｐ−スルホＰｈｅ、ｏ−スルホＰｈｅ、ｍ−スルホＰｈｅ、５−ニトロＨｉｓ、３−ニトロＴｙｒ、２−ニトロＴｙｒ、ニトロ置換Ｌｅｕ、ニトロ置換Ｈｉｓ、ニトロ置換Ｉｌｅ、ニトロ置換Ｔｒｐ、２−ニトロＴｒｐ、４−ニトロＴｒｐ、５−ニトロＴｒｐ、６−ニトロＴｒｐ、７−ニトロＴｒｐ、３−アミノチロシン、２−アミノチロシン、Ｏ−スルホチロシン、２−スルホオキシフェニルアラニン、３−スルホオキシオキシフェニルアラニン又はｐ−カルボキシフェニルアラニン、ｏ−カルボキシフェニルアラニン、及びｍ−カルボキシフェニルアラニンから構成される群から選択される請求項７２に記載の方法。
請求項98
標的部分がＴＮＦαである請求項７２に記載の方法。
請求項99
対象がマウスであり、標的部分がｍＴＮＦαであり、非天然免疫原が非天然ｍＴＮＦαである請求項９８に記載の方法。
請求項100
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαを含む請求項９９に記載の方法。
請求項101
非天然ｍＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαから構成される群から選択される請求項９９に記載の方法。
請求項102
対象がヒトであり、標的部分がｈＴＮＦαであり、免疫原が非天然ｈＴＮＦαである請求項９８に記載の方法。
請求項103
非天然ｈＴＮＦαがｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαから構成される群から選択される請求項１０２に記載の方法。
請求項104
請求項７２に記載の方法により製造されたワクチン。
請求項105
ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ＴＮＦαを含む非天然ＴＮＦαを細胞で生産する方法であって、アミノ酸８６位に少なくとも１個のセレクターコドンを含み、ＴＮＦαをコードする核酸を含む細胞を適切な培地で増殖させる段階と；ｐＮＯ２Ｐｈｅを準備する段階を含み；細胞が更に、セレクターコドンを認識する直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）と；Ｏ−ｔＲＮＡをｐＮＯ２Ｐｈｅで優先的にアミノアシル化し、セレクターコドンに応答してｐＮＯ２Ｐｈｅをアミノ酸８６位に組込むことにより、非天然ＴＮＦαを生成する直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）を含む前記方法。
請求項106
ｐＮＯ２Ｐｈｅ８６−ｍＴＮＦαを含む非天然ＴＮＦα。
請求項107
ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｍＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０４−ｍＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１３−ｍＴＮＦαから構成される群から選択されるＴＮＦαを含む非天然ＴＮＦα。
請求項108
ｐＮＯ２Ｐｈｅ１１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ２１−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４２−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ４９−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ８７−ｈＴＮＦα、ｐＮＯ２Ｐｈｅ１０５−ｈＴＮＦα、及びｐＮＯ２Ｐｈｅ１１４−ｈＴＮＦαから構成される群から選択されるＴＮＦαを含む非天然ＴＮＦα。
請求項109
請求項１０６、１０７又は１０８に記載の非天然ＴＮＦαを含有する組成物。
請求項110
請求項１０６、１０７又は１０８に記載の非天然ＴＮＦαに対する抗体。
請求項111
請求項１０６、１０７又は１０８に記載の非天然ＴＮＦαに対する抗体であって、非天然アミノ酸を含まないＴＮＦαに対して交差反応性である前記抗体。
請求項112
請求項１１０又は１１１に記載の抗体を含有する組成物。
請求項113
ｐＮＯ２Ｐｈｅ４３ｍＲＢＰ４を含む非天然ＲＢＰ４。
請求項114
請求項１１３に記載の非天然ＲＢＰ４を含有する組成物。
請求項115
請求項１１３に記載の非天然ＲＢＰ４に対する抗体であって、非天然アミノ酸を含まないＲＢＰ４に対して交差反応性である前記抗体。
請求項116
請求項１１５に記載の抗体を含有する組成物。
請求項117
免疫原の合成中に１個以上の非天然アミノ酸を非天然免疫原に組込む請求項１、３４、３５又は７２に記載の方法。
請求項118
翻訳後修飾又は合成後化学修飾以外の方法で１個以上の非天然アミノ酸を非天然免疫原に組込む請求項１、３４、３５又は７２に記載の方法。
請求項119
直交翻訳、ｉｎｖｉｔｒｏ翻訳、ネイティブケミカルライゲーション、発現蛋白質ライゲーション、又は固相合成法の１種以上により１個以上の非天然アミノ酸を非天然免疫原に組込む請求項１、３４、３５又は７２に記載の方法。
請求項120
非天然免疫原がグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化された２０種類の天然に存在する標準アミノ酸の１種以上を含む請求項１、３４、３５又は７２に記載の方法。
請求項121
翻訳後修飾以外の方法又は化学修飾以外の方法により、１個以上のアミノ酸をグリコシル化、ニトロアリール修飾、硝酸化、アルキル化、アセチル化、酸化、硫酸化、又はリン酸化する請求項１、３４、３５又は７２に記載の方法。